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公共卫生机构实行全额预算管理。转变基层医疗卫生机构运行机制。政府举办的城市社区卫生服务中心（站）和乡镇卫生院等基层医疗卫生机构，探索实行收支两条线、公共卫生和医疗保障经费的总额预付等多种行之有效办法，严格收支预算管理，探索改革药品价格加成政策，逐步改革基层医疗卫生机构以药补医机制，维护公益性质。同时，加强和完善内部管理，建立健全以岗位责任与绩效为基础的考核和激励制度。
坚持中西医并重，大力扶持中医药、民族医药的发展，加强和完善中医医疗、保健服务体系建设，充分发挥中医药在防治重大疾病和应对突发公共卫生事件中的作用，鼓励基层医疗卫生机构采用中医药适宜技术。
第三，改革医院管理体制和运行机制。积极推行医疗机构属地化全行业管理。所有医疗机构，不论所有制、投资主体、隶属关系和经营性质，均由当地卫生行政部门实行统一规划、统一准入、统一监管。加强对医疗机构准入、运行、服务行为和质量的监管，依法整治医疗广告过多过滥、误导欺骗患者的问题，严厉打击各种危害人民群众身体健康和生命安全的违法行为。公立医院要遵循公益性质和社会效益原则，坚持以病人为中心，建立和完善法人治理结构，明确政府和医院管理者的责权，实行院长负责制，形成决策、执行、监督相互制衡，有责任、有激励、有约束、有竞争、有活力的内部运行机制。实行医药收支分开管理，逐步取消以药补医机制，切断医院运行与药品销售的利益联系，降低药品价格。采取增加财政补助、适当提高医疗服务价格等措施，完善公立医院补偿机制，规范收支，加强财务监管。改革人事制度，完善分配激励机制，体现医务人员的技术劳务价值，充分调动医务人员的积极性，不断提高医疗服务的质量和水平。
第四，加快多层次医疗保障体系建设。到2008年底，新型农村合作医疗基本覆盖到所有农村，并逐步提高筹资水平和报销比例，减轻个人负担。到2010年底，城镇职工基本医疗保险覆盖所有城镇从业人员，城镇居民基本医疗保险全面推开。完善城乡医疗救助制度，对困难人群提供补助，筑牢医疗保障基础。积极发展商业健康保险，满足群众不同层次的医疗服务需求。
第五，建立国家基本药物制度。中央政府制定国家基本药物目录，建立基本药物生产供应体系，实行招标定点生产或集中采购直接配送等方式，确保基本药物的生产供应，规范基本药物使用。完善药品储备制度，保障群众基本用药。
第六，加强卫生人才队伍建设。重点加强公共卫生、农村卫生、城市社区卫生专业技术人员和护理人员的培养、输送和吸收。转变医学教育模式和方式，调整高等医学教育结构和规模，既要培养高层次医学人才，更要培养面向基层的实用人才。加强全科医学教育，定向免费培养农村适宜卫生人才。制定鼓励优秀卫生人才到农村基层、城市社区和中西部地区工作的优惠政策，对长期在城乡基层工作的卫生技术人员在职称晋升、业务培训、待遇等方面给予倾斜，对长期在乡以下工作的卫生技术人员在工资方面给予倾斜。采取多种方式培育中医药人才，加强中医药人才队伍建设。加强医德医风建设，注重医务人员人文素养和职业素质教育。优化医务人员执业环境，努力构建健康和谐的医患关系。
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