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深化医药卫生体制改革坚持以下基本原则：一是坚持以人为本，把维护人民健康权益放在第一位。二是坚持立足国情，建立中国特色的医药卫生体制。三是坚持公平与效率的统一，实现政府主导与发挥市场机制作用相结合。四是坚持统筹兼顾，把完善制度体系与解决当前突出问题结合起来。
深化医药卫生体制改革的总体目标是建设覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，为群众提供安全、有效、方便、价廉的公共卫生和基本医疗服务，促进人人享有基本医疗卫生服务。到2010年，在全国初步建立基本医疗卫生制度框架，努力缓解城乡、地区、不同收入群众之间基本医疗卫生服务差距扩大的趋势，有效缓解人民群众看病就医突出问题。到2020年，建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，包括普遍建立比较完善的覆盖城乡的公共卫生和医疗服务体系，比较健全的覆盖城乡居民的医疗保障制度体系，比较规范的药品供应保障体系，比较科学的医疗卫生机构管理体制和运行机制，形成多元办医格局，适应人民群众多层次的医疗卫生需求，进一步提高全民健康水平。
建立基本医疗卫生制度，包括完善和加强公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系和药品供应保障体系。加强公共卫生服务体系建设，建立健全疾病预防控制、健康教育、妇幼保健、精神卫生、计划生育、应急救治、采供血等公共卫生服务和卫生监督网络，并与医疗服务体系建立互动机制，实现信息互通、资源共享，提高公共卫生服务、卫生监督和突发事件处置能力，促进城乡居民享有均等的公共卫生服务。加强医疗服务体系建设，坚持以公立医疗机构为主、非公医疗机构共同发展，形成布局合理、分工明确、防治结合、保证质量、技术适宜、运转有序的医疗服务体系。建立城市医院与农村、社区卫生服务机构分工协作机制，充分发挥中医药的独特作用。加强医疗保障体系建设，建立以基本医疗保险、合作医疗、医疗救助制度为主体，其他形式医疗保险和商业健康保险为补充，覆盖城乡居民的多层次医疗保障体系。加强药品供应保障体系建设，以建立国家基本药物制度为基础，以规范药品生产流通秩序、完善药品价格形成机制、加强政府监管为主要内容，建设规范化、集约化的药品供应保障体系，不断完善执业药师制度，保障人民群众安全用药。
（二）医药卫生体制改革的重点工作。第一，强化政府责任和投入。确立政府在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导地位。公共卫生服务主要通过政府筹资，向城乡居民提供均等服务。基本医疗服务由政府、社会和个人三方合理分担费用。特需医疗服务由个人付费或通过商业健康保险支付。建立和完善政府卫生投入机制，合理划分中央和地方政府卫生投入责任。中央和地方都要大幅度增加卫生投入，逐步提高政府卫生投入占财政总支出比重，提高政府卫生投入占卫生总费用的比重，政府投入兼顾医疗服务供方和需方。政府新增卫生投入重点用于公共卫生、农村卫生、城市社区卫生和城乡居民基本医疗保障。
第二，加强农村和城市社区医疗卫生服务体系建设。加快建立和完善以县级医院为龙头、乡镇卫生院为骨干、村卫生室为基础的农村三级医疗卫生服务网络。政府重点办好县级医院和每个乡镇一所卫生院，采取多种形式支持村卫生室建设，大力改善农村医疗卫生条件，提高医疗卫生服务质量。建立和完善以社区卫生服务为基础的新型城市医疗卫生服务体系，大力发展社区卫生服务机构，完善社区卫生服务功能，为社区居民提供疾病预防等公共卫生服务和一般常见病、多发病、慢性病的基本医疗服务。健全各类医院的功能和职责。充分发挥大医院在承担急危重症和疑难病症的诊疗、医学教育和科研、指导和培训基层卫生人员等方面的骨干作用。整合现有城市卫生资源，逐步实现社区首诊、分级医疗和双向转诊。
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