十六、删除第七十四条。
十七、将第七十七条调整为第六十六条，并修改为“奖励办公室在接到异议材料后应当进行审查，对符合规定并能提供充分证据的异议，应予受理。”
十八、将第七十八条调整为六十八条，并修改为：“涉及候选人、候选单位所完成项目的创新性、先进性、实用性及推荐材料真实性等内容的异议由奖励办公室负责协调，由有关推荐单位或者推荐人协助。推荐单位或者推荐人接到异议通知后，应当在规定的时间内核实异议材料，并将调查、核实情况报送奖励办公室审核。必要时，奖励办公室可以组织评审委员和专家进行调查，提出处理意见。
涉及候选人、候选单位及其排序的异议由推荐单位或者推荐人负责协调，提出初步处理意见报送奖励办公室审核。涉及跨部门的异议处理，由奖励办公室负责协调，相关推荐单位或者推荐人协助，其处理程序参照前款规定办理。
推荐单位或者推荐人接到异议材料后，在异议通知规定的时间内未提出调查、核实报告和协调处理意见的，该项目不提交评审。
涉及国防、国家安全项目的异议，由有关部门处理，并将处理结果报奖励办公室。”
十九、增加一条作为第七十三条：“初评可以采取定量和定性评价相结合的方式进行。奖励办公室负责制订国家科学技术奖的定量评价指标体系。”
二十、增加一条作为第七十六条：“必要时，奖励办公室可以组织国家科学技术奖有关评审组织的评审委员对候选人、候选单位及其项目进行实地考察。”
二十一、将第六十二条调整为第七十七条，并将其中的“初评结果”修改为“评审结果”。
二十二、将第六十六条调整为第七十九条，并将第一款第一项修改为：“（一） 初评以网络评审或者会议评审方式进行，以记名限额投票表决产生初评结果。”
二十三、增加一条作为第八十一条：“奖励办公室应当在其官方网站等媒体上公布通过初评和评审的国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖的候选人、候选单位及项目。涉及国防、国家安全的保密项目，在适当范围内公布。”
二十四、增加一条作为第八十六条：“国家自然科学奖、国家技术发明奖和国家科技进步奖每年奖励项目总数不超过400项。其中，每个奖种的特等奖项目不超过3项，一等奖项目不超过该奖种奖励项目总数的15%。”
