《办法》第
二十三、
二十五条对核查记录、核查结论及告知作了规定。
对保税核查后未发现核查对象情况异常，不需作进一步处理的，核查结论可填制在《海关保税核查工作记录》的“备注”栏内；根据
《办法》第
十九条，海关根据企业提供的、并予以采信的中介机构审计报告，作出免于当期核查决定的情况，也应填制在《海关保税核查工作记录》的“备注”栏内；对经保税核查发现情况异常，需要制发《保税核查处理通知书》(下称《处理通知书》)或移交相关部门处理的，在《海关保税核查工作记录》的“备注”栏内注明相应文书种类及编号。所有核查结论均应当由核查关员注明日期并双人签字。
对保税核查后未发现核查对象情况异常的，核查结论的告知可采取电话告知的形式，并在《海关保税核查工作记录》的“备注”栏内注明。对经保税核查发现情况异常，即用《处理通知书》书面通知；向缉私部门移交的，按《保税监管部门与缉私部门对走私违规案件(线索)移交、反馈操作规程》(详见署加发[2006]170号)的程序处理，并在规定的时限内告知企业“有待其他部门作进一步处理”。所有告知内容均应当记录并注明日期并由经办关员签字。
《处理通知书》不能载有作出行政处罚的内容，但其中“责令补办相关手续”包括补办缴纳税款手续。
《处理通知书》统一按照以下规定顺序编号和加盖印章：阿拉伯数字的四位年份＋关区号前四位＋HC(核查的汉语拼音字头)＋阿拉伯数字的四位流水号，隶属海关加盖本关行政印章，保税监管职能部门和现场海关办事处加盖直属海关行政印章，具体操作办法由各直属海关规定。
在总署全面推广应用“保税核查作业管理系统”后，各级海关应当及时将《处理通知书》统一录入H2000运行系统。
(六)关于核查档案的管理期限
核查档案管理的时限，目前各关内外勤分离作业改革进度、采取模式不同，档案管理的具体部门也有所不同，各关可暂时根据《
海关法》规定的追征税款三年有效期工作需要的原则予以掌握。
