（十）自然生态保护司（生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室）。
组织编制生态保护规划；提出新建的各类国家级自然保护区审批建议，对国家级自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全国生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设；承担国家生物安全管理办公室的工作。
（十一）核安全管理司（辐射安全管理司）。
承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作，承担法律法规草案的起草工作，拟订有关政策；承担核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；承担有关国际条约实施工作。
（十二）环境监察局。
监督环境保护规划、政策、法规、标准的执行；组织拟订重特大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织实施建设项目环境保护“三同时”制度。
（十三）国际合作司。
研究提出国际环境合作中有关问题的建议；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；承担与环境保护国际组织联系事务；承担外事工作。
（十四）宣传教育司。
研究拟订并组织实施环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担部新闻审核和发布。
机关党委 负责机关和在京派出机构、直属单位的党群工作。
四、人员编制
环境保护部机关行政编制为311名（含两委人员编制4名、援派机动编制3名、离退休干部工作人员编制3名）。其中：部长1名、副部长4名，司局级领导职数48名（含总工程师1名、核安全总工程师1名、机关党委专职副书记1名）。
五、其他事项
（一）环境保护部对外保留国家核安全局牌子。
（二）国家消耗臭氧层物质进出口管理办公室的牌子挂在环境保护部。
（三）水污染防治与水资源保护的职责分工。环境保护部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立部际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。环境保护部发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。水利部发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与环境保护部协商一致。
