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要坚持以灾区政府为主，继续做好灾区环境卫生综合整治工作。对受灾群众安置点的医疗废弃物、生活垃圾、粪便和动物尸体进行无害化处理，有重点、有针对性地开展科学防疫和消毒、杀菌、灭蚊蝇工作。卫生、环保、建设等部门按照职责分工，做好居民生活区环境卫生管理工作。灾区政府要充分发挥基层组织作用，动员群众积极参与，广泛开展以治理卫生环境为重点的爱国卫生运动。
加强疫情监测工作，保证疫情报告渠道畅通。灾区县、乡要尽快恢复建立传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统，修复或购置疫情网络直报设备，及时、准确报告疫情。做好传染病疫情的搜索、分析和预测工作，加强聚集性病例的监测、调查与处理，防止疫病扩散。加强传染病病因及食品、饮用水的现场快速检测，及时发现传染病流行苗头。高度重视并切实防控人畜共患疾病的发生和传播。要坚持中西医并重，充分发挥中医药作用，采用方便、快捷的方式，做好常见病、多发病的预防控制工作。
及时开展应急疫苗接种，尽快恢复常规预防接种服务。做好适龄儿童的乙脑、甲肝等疫苗接种，建立有效免疫屏障。发展改革部门要保证疫苗的生产、供应，食品药品监管部门要加强监管，保证疫苗质量。卫生部门要做好疫苗储备、运输和接种工作。教育等部门要协助做好托幼儿童、学生及其他人群的预防接种组织工作。农业部门要做好狂犬病、猪链球菌病等人畜共患病的免疫接种工作。
卫生、农业、商务、工商、质检和食品药品监管等部门要按照职责分工，加强协调配合，切实落实食品安全监管责任，尽快恢复食品安全检验检测能力，全力保障受灾群众安置点、集中生活区及救灾物资集中分发场所的食品安全。加强农产品和捐赠食品质量的监管，开展安全检查，严防假冒伪劣、腐败变质和超过保质期等不合格食品流入灾区。尽快恢复灾区正常的农产品和食品流通秩序，保障市场供应。重点加强集中供餐单位的餐饮原料采购、储存、加工和餐饮器具消毒的卫生监督管理，改善集中供餐场所的食品加工环境和设施。要严防重大食物中毒事件和食源性疾病的发生。
卫生、环保、建设、水利和农业等部门要密切配合，积极采取措施，切实做好灾区饮用水安全保障工作。环保部门要加强污染源排查和整治，加强集中式饮用水源地水质监测，保证饮用水水源安全。水利和建设部门要加快受损供水设施和管网的抢修，尽快恢复正常供水能力。受灾群众安置点要配备必要的饮用水净化处理设施或消毒设施，卫生部门要加强对饮用水的监督检查，保障群众饮水安全。特别要加强学校、医院等公共场所供水设施建设，保障饮用水达到卫生标准。各有关部门要建立协作机制，按照职责分工，做好水源地、公共供水设施、集中供水点和末梢水的水质监测工作，做到信息共享。要尽快恢复灾区饮用水安全检验检测能力。
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