（一）民航总局直属单位直接向民航总局申请，民航总局审核后，编入部门预算报财政部审批。
（二）地方所属单位由所在地民航地区管理局会同省级财政主管部门联合向民航总局、财政部申请，民航总局汇总审核后，报财政部审批，资金由财政部下达有关省级财政主管部门。民航总局应当加强建设投资项目前期评审和管理工作。
民航各级财务部门应当参与建设项目的立项、可行性研究、初步设计和概算审批等前期工作。
第六条 民航基础设施建设贷款贴息、中小机场公共服务补贴和支线航空补贴的具体实施办法由民航总局会同财政部根据本办法规定另行制定。
第七条 机场建设费的代征手续费按照当年机场建设费入库金额的1％提取，用于弥补相关单位开展代征业务发生的费用和清算费用。清算费用包括机场建设费系统性清算、检查、审计发生的费用。各单位收到机场建设费代征手续费后，作收入处理。代征手续费的具体支出项目和金额由民航总局编入部门预算报财政部审批。
第八条 机场建设费用于民航科教、信息等支出原则上不超过当年机场建设费收入总预算的5％，年度支出规模由民航总局商财政部确定，具体支出项目和金额由民航总局编入部门预算报财政部审批。
第三章 预决算管理
第九条 机场建设费实行财政预决算审批制度，年终结余结转下年继续使用。
财政部、民航总局负责对机场建设费统筹安排使用，除国务院另有规定外，原50％直接返还机场的政策从2006年1月1日起停止执行。
第十条 民航总局根据机场建设费的使用范围、年度征收情况、民航基础设施建设投资的中长期规划和项目前期准备情况，按照预算管理的有关规定，编制机场建设费收支预算，报财政部审批。其中：安排给地方管理机场的建设项目，年初只确定总的预算规模，具体资金使用管理办法由民航总局会同财政部另行制定。
经财政部正式批复的年度预算不得随意调整，在执行过程中，确因特殊情况需要调整预算时，民航总局应及时报财政部审批。
第十一条 年终，列入民航总局部门预算的项目，由民航总局汇总并入部门决算报财政部审批；下达给有关省（自治区、直辖市、计划单列市）财政主管部门的项目，由各有关单位编制决算，报同级财政主管部门审批。
