3、2008 年5-8月
各地全面开展本辖区的调查与评估工作，典型地区于6 月底前提交辖区调查与评估报告，其他省（自治区、直辖市）于8 月底前提交辖区调查与评估报告。
4、2008 年9-10月
技术组汇总验收各项专题成果，并在各省（自治区、直辖市）辖区内调查及评估报告的基础上，形成《全国饮用水水源地基础环境调查及评估报告》（初稿）上报总局。
5、2008 年11-12月
环保总局组织论证并审查《全国饮用水水源地基础环境调查及评估报告》。
5.2 组织方式
项目由国家环保总局污染控制司主持，全国31 个省（直辖市、自治区）环保部门具体实施，国家环保总局环境规划院等近20 个单位作为技术支持单位参加。
国家环保总局污染控制司：项目主持单位。督促、指导国家集中式饮用水水源保护信息数据库的建设。指导、督促、协调调度全国城镇集中式饮用水水源地及典型乡镇水源地环境基础状况调查与评估工作。指导、督促技术支持单位，提出集中式饮用水水源管理技术政策建议。负责项目综合协调、组织管理和实施，开展国际交流，向总局领导汇报工作进展，召开有关会议。
全国31 个省（直辖市、自治区）环保部门：项目实施单位，按照环保总局的统一要求，负责组织本辖区的饮用水水源地环境状况的调查与评估工作。宁夏、湖南、福建等省区作为典型区域全面开展调查与评估，并配合开展有关典型污染源调查与评估工作。
国家环保总局环境规划院：技术组长单位，负责项目的技术组织与协调，包括组织制定调查与评估技术大纲，组织对各级环保部门进行技术培训，组织有关技术支持单位对各地进行技术支持，组织开展各省（直辖市、自治区）调查与评估成果的技术验收，组织开展各技术支持单位研究成果的技术验收，组织编写全国饮用水水源地环境状况调查与评估的总报告。
中国环境科学研究院：协助制定调查与评估技术大纲并培训各级环保部门，参与制定饮用水水源地环境管理技术政策，开展我国饮用水安全保障标准体系评估工作。重点对江西等省提供技术及相关支持。
中日环境保护中心：国家饮用水水源地调查数据采集系统及基础数据库建设。研究构建集中式饮用水水源地管理制度体系。开展饮用水源保护宣传教育工作。
中国环境监测总站：集中式饮用水水源地监测数据的更新，研究制定饮用水水源地监控方案。
国家环境保护总局南京环境科学研究所：专题开展农药化肥与畜禽养殖对饮用水水源地环境影响评估与防治对策研究，重点对江苏、浙江、上海、福建4 省市提供技术及相关支持。
