二十一、农林牧渔项目减税或免税规定
对农林牧渔项目实行不同的税收优惠政策，可以更好的体现国家政策的引导作用，突出优惠政策的导向性。粮食、蔬菜、肉类、水果等农产品，关系到国计民生，是维持人们基本生存条件的生活必需品，应当列为税收优惠政策重点鼓励的对象。同时为生产此类产品的服务业也应同样扶持，因此，实施条例中将此类归为免税项目。花卉、饮料和香料作物，以及海水养殖、内陆养殖，一般盈利水平较高，也不是人们基本生活必需品，在优惠力度上应与基本生活需要的农产品等免税有所区别，因此，实行减半征收。
二十二、高新技术企业执行15％优惠税率的规定
与原税收优惠政策相比，新
企业所得税法对高新技术企业优惠的主要变化，表现在以下方面：一是扩大高新技术企业的生产经营范围。实施条例将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品（服务）应在《国家重点支持的高新技术领域》的范围之内，以解决现行政策执行中产品列举不全、覆盖面偏窄、前瞻性欠缺等问题。二是明确高新技术企业的具体认定标准。实施条例将高新技术企业的认定标准原则化处理，对研究开发费用占销售收入的比例、高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例、科技人员占企业职工总数的比例以及其他条件等具体标准，放在由国务院科技、财政、税务主管部门会同国务院有关部门制订的认定办法中，便于今后根据发展需要适时调整。三是强调核心自主知识产权问题。实施条例最后采用"核心自主知识产权"作为高新技术企业的认定条件之一，相对容易操作，突出技术创新导向。
二十三、非营利组织收入的征免税
实施条例从8个方面对非营利组织作了具体规定，明确了非营利组织享受税收优惠的条件。从世界各国对非营利组织的税收优惠来看，一般区分营利性收入和非营利性收入给予不同的税收待遇。考虑到按照相关管理规定，我国的非营利组织一般不能从事营利性活动，为规范此类组织的活动，防止从事经营性活动可能带来的税收漏洞，实施条例规定，对非营利组织从事非营利性活动取得的收入给予免税，但从事营利性活动取得的收入则要征税。
二十四、居民企业之间的股息红利收入
原税法规定，内资企业之间的股息红利收入，低税率企业分配给高税率企业要补税率差。鉴于股息红利是税后利润分配形成的，对居民企业之间的股息红利收入免征企业所得税，是国际上消除法律性双重征税的通行做法，新
企业所得税法也采取了这一做法。为更好体现税收优惠意图，保证企业投资充分享受到西部大开发、高新技术企业、小型微利企业等实行低税率的好处，实施条例明确不再要求补税率差。
鉴于以股票方式取得且连续持有时间较短（短于12个月）的投资，并不以股息、红利收入为主要目的，主要是从二级市场获得股票转让收益，而且买卖和变动频繁，税收管理难度大，因此，实施条例将持有上市公司股票的时间短于12个月的股息红利收入排除在免税范围之外。对来自所有非上市企业，以及持有股份12个月以上取得的股息红利收入，适用免税政策。
二十五、享受税率20％税收优惠的小型微利企业的具体标准
实施条例采取了按照工业企业和其他企业分类划分小型微利企业的办法，兼顾行业特点和政策的操作管理。在具体标准上，实施条例借鉴国际做法，结合我国国情，把年度应纳税所得额、从业人数、资产总额作为小型微利企业的界定指标。不论工业企业还是其他企业，将年度应纳税所得额确定为30万元，大大高于现行标准。同时将工业企业的从业人数界定为不超过100人，资产总额不超过3000万元；其他企业从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。
二十六、公共基础设施的优惠
重点基础设施投资大，回收期长，关系国计民生，实施条例规定，对企业从事港口码头、机场、铁路、公路、电力、水利等项目投资经营所得，给予三免三减半的优惠。与原来的"两免三减半"相比，减免期限作了适当延长，缓解基础设施建设初期的经营困难。
原外资
企业所得税法规定以获利年度为企业减免税的起始日，在实践中出现了一些企业用推迟获利年度来避税的问题，税收征管难度大。实施条例规定了从企业取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起计算减免税起始日的新办法，可以兼顾项目投资规模大、建设周期长的情况，较原内资企业从开业之日起计算减免税优惠，更为符合实际，也促使企业缩短建设周期，尽快实现盈利，提高投资效益。
二十七、汇出境外利润的预提税
