第二十条 项目承担单位要严格按照本办法的规定，制定内部管理办法，建立健全内部控制制度，加强对专项经费的监督和管理，对专项经费、自筹经费以及外方投入经费分别进行核算。
第二十一条 项目承担单位应当严格按照本办法规定的项目经费开支范围和标准办理支出。严禁使用项目经费支付各种罚款、捐款、赞助、投资等，严禁以任何方式变相谋取私利。
第二十二条 项目承担单位应当按照规定编制专项资金年度财务决算报告。项目研究经费下达之日起至年度终了不满三个月的项目，当年可不编报年度决算，其经费使用情况在下一年度的年度决算报表中编制反映。项目决算报告由项目承担单位财务部门会同项目负责人编制。项目决算报告按程序经审核、汇总后，于次年的4月20日前报送科技部。
第二十三条 在研项目的年度结存经费，结转下一年度按规定继续使用。项目因故终止，项目承担单位财务部门应及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，按程序经审核、汇总后报送科技部，由科技部组织进行清查处理，剩余经费（含处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入）收回科技部，由科技部按照财政部关于结余资金管理的有关规定执行。
第二十四条 预算执行过程中实行重大事项报告制度。在项目实施期间出现项目计划任务调整、项目负责人变更或调动单位、项目承担单位变更等影响经费预算执行的重大事项，项目负责人、项目承担单位应当及时按程序报科技部。
第二十五条 专项经费形成的固定资产属国有资产，一般由承担单位进行管理和使用，国家可以调配用于相关科学研究与开发。
第二十六条 专项经费形成的，以及外方投入由中方拥有的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照国家有关规定开放共享，以减少重复浪费，提高资源利用效率。
第六章 合作成果与知识产权管理
第二十七条 专项经费项目的知识产权管理和保护应遵循平等互利、尊重协议、信守承诺的原则，遵守我国相关知识产权法律法规以及我国参加或者与合作国签订的有关知识产权保护的国际公约或者双边条约。
第二十八条 科技部在与项目承担单位签署的项目任务合同书中，应当明确约定该项目的知识产权具体目标、保护方式、属于中方部分的权利归属与分享以及项目承担单位的管理职责等事项。
