农村饮水安全工程水质卫生监测的主要任务：一是建立水质卫生常规监测制度；二是健全水质卫生监测体系；三是建立监测数据信息系统、报告制度和通报制度；四是开展水性疾病资料的收集、汇总和分析，探索建立水性疾病评估、预测体系。
农村饮水安全工程卫生学评价和水质卫生监测工作，既相互影响又相互促进。要完成《规划》确定的目标任务，需要把这两项工作同布置、同检查、同落实。
二、按照《规划》确定的职责分工，落实部门责任
地方卫生、发展改革、水利部门要在当地人民政府的统一领导下，各负其责，密切配合，切实按照卫生部、国家发展改革委和水利部制定的《农村饮水安全工程卫生学评价管理办法（试行）》和《农村饮水安全工程水质卫生监测工作方案（试行）》的要求开展工作。
地方各级卫生行政部门负责根据《规划》提出中重度氟病区、砷病区、血吸虫疫区以及其他涉水重病区需解决饮水安全问题的范围；组织制定农村饮水安全工程卫生学评价和水质监测工作计划；组织实施农村饮水安全工程卫生学评价和水质卫生监测工作；完成年度工作报告报同级人民政府和上一级卫生行政部门，同时抄送同级发展改革和水行政主管部门。卫生行政部门要加强对辖区内农村饮水安全工程卫生学评价和水质卫生监测工作的检查、指导和监督，定期通报农村饮水安全工程卫生学评价和水质卫生监测工作进展情况。
地方各级发展改革、水行政主管部门在会同有关部门落实饮水安全工程规划、编制项目可行性研究报告和初步设计时，要充分听取卫生部门的意见，科学规划、合理布局，切实做好《规划》内的病区和饮水水质未达标地区的饮水安全工作。年度项目投资计划下达后各级发展改革、水利部门要及时通报卫生行政部门。工程建设过程中，发展改革、水行政主管部门要加强行业监管，提高供水工程管理单位的服务水平，让群众真正喝上卫生、安全水。
三、建立有效的监督保障措施，确保《规划》目标如期实现
各地要高度重视农村饮水安全工程卫生学评价和水质监测工作，安排必要的经费，配备相应的人员和设备，保证卫生学评价效果和水质监测数据的准确。卫生行政主管部门要科学合理确定农村饮水安全工程卫生学评价内容，价格行政主管部门要合理确定相应的收费标准，防止加重地方和建设单位的不合理负担。饮水安全工程卫生学评价费用可纳入工程前期工作和建设经费解决，常规水质监测费用由各级财政安排解决。
