需要在尚未纳入港口总体规划的区域建设港口设施或者在港口总体规划中新开发的港区建设港口设施的，应当首先按港口总体规划修订程序编制新港区总体规划，经批准后作为建设港口设施的规划依据。
第四十一条 拟建设港口项目的功能及选址与港口总体规划有较大差异，经专题论证认为确需改变港口总体规划按所选方案建设的，应当按规定程序修订或者调整港口总体规划后，方可办理港口建设项目的审批、核准手续。
第四十二条 建设港口设施使用港口岸线的，必须符合港口规划，并按国家有关规定办理港口岸线使用审批手续，取得港口岸线使用权。
第四十三条 建设码头（包括单点系泊及水上过驳设施）、船坞、船台、滑道等设施的港口建设项目，建设单位在申请水上水下施工作业许可时，应当提交由发展和改革部门、交通主管部门按照规定的权限出具的港口建设项目审批文件和交通主管部门按照规定的权限出具的港口岸线审批文件。海事管理机构在审批上述港口建设项目水上水下施工作业许可时，应当审查申请人是否依法办理了港口建设项目审批和港口岸线审批的相关手续。未依法办理的，海事管理机构不得批准其施工许可。
第四十四条 任何单位和个人需要使用港口总体规划区内的土地和水域，或者建设任何跨越、穿越港口总体规划区水陆域及其上下部相关空间的设施，建设项目的审批部门审批时应当征求港口所在地港口行政管理部门的意见，港口行政管理部门应当出具其是否符合港口规划及是否影响港口规划实施的审查意见。
第四十五条 在港口总体规划区周边建设工程项目，可能引起港口岸线及港区水陆域、通航水域、航道、锚地等水文、地形、地貌变化，从而影响港口规划实施的，建设项目的审批部门在审批前应当征求港口行政管理部门的意见。
第四十六条 交通部和各级港口行政管理部门应当依法对港口规划的实施情况进行监督检查，核查港口建设项目是否依法办理了项目审批和港口岸线审批手续，并公布检查结果。
港口行政管理部门在监督检查中发现未按规定程序取得批准，违反港口规划建设港口、码头及其他设施的行为，应当及时制止，依法查处，并通报相关部门。主要港口的港口行政管理部门应当将上述违法情况及处理意见书面报告交通部和省、自治区、直辖市人民政府港口行政管理部门；其他港口书面报告省、自治区、直辖市人民政府港口行政管理部门。
