根据海关总署的授权，直属海关可以直接办理减免税申请人的减免税备案、审批申请，以及实施后续管理。因此，《办法》中受理减免税备案、申请的海关原则上指直属海关。直属海关根据本关区的实际情况，将部分减免税事项下放到隶属海关的，主管海关可以是隶属海关，因此，受理减免税申请的主管海关具体为减免税申请人所在地哪一层级海关，由直属海关根据海关总署规定在职权范围内自行明确。
六、减免税备案的管理要求
《办法》规定对部分减免税事项实施备案管理，其目的是为了对减免税申请人的资格或者投资项目的合规性等情况进行事先确认，以及便于海关在减免税审批工作中实行减免税额度管理，避免减免税申请人在办理减免税手续中重复申请或重复提交资料，减轻减免税申请人负担。对于一事一议、短期性、未实行额度管理等减免税事项一般不需要经过备案环节。需要实施备案管理的减免税事项由海关总署通过公告或规范性文件形式予以明确，并根据政策调整及工作需要，不定期对实施备案管理的减免税事项范围进行调整。
减免税申请人在申请进出口减免税货物前，应当事前了解拟进出口的货物是否需要进行减免税备案；需要备案的，应当在申请减免税审批前及时在主管海关办理相关手续，以免影响进出口货物享受相关优惠政策。
七、减免税审批的管理要求
狭义的减免税审批，是指海关对减免税申请人提出减免税申请的进出口货物进行审核，以确定相关进出口货物是否符合法律法规、国家政策规定的享受税收优惠政策的资格条件，并最终作出减免税或者征税决定的行为。《办法》还规定，减免税申请人应当在货物申报进出口前向海关提出减免税审批申请，取得《征免税证明》后再进出口货物才能享受到有关税收优惠政策。未在货物申报进出口前向海关申请办理减免税审批手续，在货物征税进出口后再申请补办减免税审批手续，减免税申请人的税收优惠资格会丧失（至少部分丧失），已征收税款不予退还。对于分批进出口货物的减免税申请人，部分货物征税进口后再申请办理减免税审批手续，虽然已进口货物被征收税款不予退还，但在取得《征免税证明》之后进口的货物仍可享受减免税优惠待遇。
另外，从广义上来讲，《办法》第四、五、六章中关于减免税货物进口后，减免税申请人在海关监管期内保管、使用减免税货物过程中，由于国家政策、社会经济环境或自身经营情况发生变化，提出申请需要海关批准的事项，也属于海关减免税审批的范畴。
