第二，行政复议决定维持率极高，行政复议的公正性被质疑。全国行政复议决定维持率居高不下，大约一直在50％以上，这很容易就使相对人对行政复议公正性产生疑问，进而放弃寻求这种救济方式；另外，向人民法院提起行政诉讼的案件中，70％以上是没有经过复议直接起诉的，这至少从一个侧面反映行政复议的公正性在一定程度上是不被认同的。
第三，行政复议效率低下和救济效果滞后。行政复议作为行政机关自身纠正错误的方式，与其他外部监督救济机制比，应当是卓有成效的，它在受案范围、处理方式、解决问题的彻底性上应当具有其他机制无可比拟的优越性，完备的行政复议制度，应该能够解决大部分行政纠纷。但从行政复议实践来看，行政复议没有发挥迅速解决纠纷的优势。在实践中，由于受“行政化”指导思想的影响，很多地方用办文的方式办理行政复议案件，许多案件往往要经过多道程序的审批，等到最后的批示下发给承办人，至少会花去半个多月的时间。同时，在行政复议期间，具体行政行为不停止执行，使得行政复议救济效果严重滞后，这一点在因拆迁等引发的行政争议中尤其明显。
（二）行政复议的制度缺陷
《行政复议法实施条例》力图对复议制度进行深度完善，但是从行政复议实践中存在的问题来看，我国的行政复议制度仍然存在较大缺陷。从整体上看，行政性有余，司法性不足。一方面，过分强调行政系统内部的自我监督，过分偏重行政效率；另一方面，忽视程序约束和行政复议的纠纷解决机理，对相对人权益的保护不充分。
第一，行政复议的功能定位仍然不清晰。行政复议的有效性很大程度是建立在对行政复议制度的定位上，因为定位直接影响到程序设计，组织设计，而这样的设计又会左右相对人对行政复议的选择。如果相对人不服某一行政行为却又不愿意选择行政复议来解决问题，设置行政复议的初衷就无法实现
行政复议是一种纠纷解决机制本无庸置疑。但是，行政复议制度却一直无法摆脱“层级监督”的功能定位。“层级监督”主要着眼于行政系统内部的自我纠错、自我监督，解决行政纠纷，保护公民权利只是行政系统内部自我纠错的副产品。因此，行政复议组织不要求具有独立性、超然性，行政复议程序是完全行政性的，不禁止单方接触、不公开、不进行双方（同时在场的实时）质证，以书面审作为原则，行政复议机构无权作出复议裁决，而是由行政复议机关的首长作出复议裁决，审而不决，决而不审，……如此等等，怎么能吸引人民群众信任行政复议制度、利用行政复议制度解决自己与行政机关之间的纷争和矛盾？一个不被人民信任、不为群众利用的制度，如何达到设置它的目的？
强调行政复议是纠纷解决机制，并不会弱化层级监督的功能，相反，在解决纠纷的过程中，在相对人的质疑中才能暴露行政机关行使权力的工作漏洞、不足，才能更好地实现行政系统内部的自我监督。解决纠纷和层级监督不是两个相反方向，而是同线性的、同质的，行政复议机关可以在完成解决纠纷任务的同时收到层级监督之效，两者是可以兼得的。充分认识到这一点，对完善行政复议制度是至关重要的。
第二，行政复议机构缺乏应有的独立性。行政复议机构由政府法制机构或政府部门内设机构充任，缺乏一套统一和独立的行政复议机构体系。在行政机关首长负责制的体制下，虽然行政复议机关的法制机构办理行政复议案件，但法制机构只是行政复议机关的内部机构，它所承担的只是承办具体事宜的工作，并没有最终作出行政复议决定的权力。行政复议决定最终是以行政复议机关的名义作出的，不言而喻，是由首长拍板决定的，首长如果从政治上考虑问题，而非法律上考虑问题，就很难保证行政复议决定的公正性。对此，有些地方政府正试图改进这种不合理的行政复议机构体系设置，取得了一定的成果。
