《决定》对现阶段农村土地承包经营权流转保障法律制度构建的指导作用主要表现在基本原则和具体规则形成等方面。
就基本原则而言，《决定》指出“把走中国特色农业现代化道路作为基本方向，把加快形成城乡经济社会发展一体化新格局作为根本要求，坚持工业反哺农业、城市支持农村和多予少取放活方针，创新体制机制，加强农业基础，增加农民收入，保障农民权益，促进农村和谐，充分调动广大农民的积极性、主动性、创造性，推动农村经济社会又好又快发展”，并要求遵循“必须巩固和加强农业基础地位，始终把解决好十几亿人口吃饭问题作为治国安邦的头等大事；必须切实保障农民权益，始终把实现好、维护好、发展好广大农民根本利益作为农村一切工作的出发点和落脚点；必须不断解放和发展农村社会生产力，始终把改革创新作为农村发展的根本动力；必须统筹城乡经济社会发展，始终把着力构建新型工农、城乡关系作为加快推进现代化的重大战略”等一系列重大原则。这些基本原则可以概括为四点：一是坚持农业作为国民经济基础部门的地位；二是国家依据统筹城乡的原则保护和促进农业发展；三是中国特色的农业现代化是中国农业发展的基本方向；四是尊重农民意愿保障农民合法权利、促进农民增收。《决定》中这四个基本原则应用到农村土地承包经营权流转保障法律制度的构建上可以表现为以下两个方面的指导作用：
首先，它是现阶段建立和完善我国农村土地承包经营权流转保障法律制度体系的指导思想，对不符合这些原则的农地政策、法律法规等应当适时修改。
前面所述及的关于现阶段农村土地承包经营权流转现实中“农业比较利益低下”和“农地上负担着过重的社会保障功能”这两个最大的阻碍因素的排除其实在本质上就是契合了《决定》所体现出的这些基本原则，这两大阻碍因素的排除其实就是“国家基于城乡统筹的原则保护、扶持农业和农村发展”和“保护农民利益、促进农民增收”这两个理念在现阶段的农村土地承包经营权流转领域中的应有之义。原因有三：一是从解读《决定》内容的方法角度分析[6]，《决定》是一个体现新时期农村发展各个方面的总体理念、目标和措施的综合性政策，农村土地承包经营权流转仅是其中的一个重要方面而已，因此，所述及的理念和原则都是基础性的和整体性的，是对政策中所涉及的各方面都适用的；二是长期以来所奉行的计划经济时期“抽取和剥削农业以发展工业”的政策理念及相关制度的推行是导致农业比较利益长期低下的制度因素，也是阻碍农村土地承包经营权流转市场形成的最重要的制度因素，而这些理念和制度明显地与《决定》所展示的基本原则背道而驰，因此，必须排除和废除这些过时的政策理念及相应制度；三是长期以来所实行的“城乡二元结构”的不合理性和对国家长远发展的巨大危害性已为学界和政府所共识，市民能充分享受国家所提供的全面的社会保障但农民仅能依靠土地保障生存则是这种“城乡二元结构”的典型表现，这明显地与《决定》所昭示的“统筹城乡发展”的基本原则相违背，因此建立城乡统筹的社会保障制度，是《决定》中“统筹城乡发展”基本原则的要求。
其次，《决定》中这四个基本原则也是设计具体法律制度的指导思想。如农村土地承包经营权的流转必须要首先有利于农业基础地位的加强，因此法律应当禁止以改变农地农业用途为目的的流转行为；农村土地承包经营权的流转必须符合中国特色农业现代化的发展目标，因此相关法律法规应当以促进农地适当规模化经营为立法目的；农村土地承包经营权流转必须要尊重权利人—农户的流转意愿，应当以农户自愿流转为基本原则，因此相关法律法规就不得设定违反农民流转意愿而强行流转的规范内容；农村土地承包经营权流转应当顾及农民的收益，这就要求相关立法在设计农村土地承包经营权流转形式和项目类型时应当作出利益均衡，要使流转农户因流转而受益，因此相关立法不能只顾及项目投资者或政府利益而忽视流转农户利益。
