第一，在反诉中排除属于专属管辖的案件。虽然在本诉系属中允许被告提起反诉具有方便当事人进行诉讼、节约诉讼成本、提高诉讼效能、防止出现裁判结果相抵触等种种优点，但是若反诉案件属于另一法院专属管辖时，为维护专属管辖的效力，有必要在民事诉讼法中把“专属管辖”作为反诉的消极要件，明确规定此种情形不允许提出反诉。
第二，上诉审法院在对上诉案件的审理中应依职权纠正违反专属管辖的错误。自从我国的民事诉讼模式从超职权主义转向当事人主义之后，法院对上诉案件的审理也从原来的全面审理转向有限审理，根据《民事诉讼法》第151条的规定，第二审法院应当对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查。尽管最高人民法院在《关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法＞若干问题的意见》（以下简称《适用意见》）第180条的规定中也要求二审法院“如果发现在上诉请求以外原判确有错误的，也应予以纠正”，但由于管辖错误属于程序方面的错误，并不在《适用意见》第181条明确规定需要撤销原判、发回重审的严重违反诉讼程序的三种情形之列，在当事人于一审程序中未提出管辖异议又未将其作为上诉理由的情形下，二审法院往往不会再审查管辖是否正确。虽然在一般情况下二审法院这样处置是正确的，但由于专属管辖问题事关公益，因此有必要给予区别对待，二审法院应当依职权审查一审法院在受理案件时是否违反了专属管辖的规定，如果发现一审法院违反了专属管辖的规定，那么就应当根据《适用意见》第181条规定的“其他严重违反程序的”这一兜底条款，撤销一审判决，把案件交给具有专属管辖权的一审法院审理。
第三，把违反专属管辖制度确定为申请再审和提出抗诉的首选事由。在审判实务中，最高人民法院对于违反专属管辖制度的情形持坚决否定的态度，即使是在民事诉讼法修订前，对违反专属管辖制度受理案件的情形，最高人民法院也会通过再审来予以纠正。如在中国工商银行巢湖市分行与广东省惠州市皖惠实业发展公司等借款纠纷案中，中国工商银行巢湖市分行向安徽省巢湖市中级人民法院起诉借款人皖惠公司，要求其偿还550万元借款。由于皖惠公司将550万元借款用于向广东省惠州市乡镇企业房地产开发公司（以下简称“乡企公司”）财贸开发部（开发部系广东省惠州财贸集团公司与惠湖公司的联营企业，挂靠“乡企公司”）购买在建的房屋，而该在建房屋后因故停建，皖惠公司要求退款，与“乡企公司”财贸开发部发生纠纷，安徽省巢湖市中级人民法院便把惠湖公司、“乡企公司”、财贸集团追加为无独立请求权的第三人参加诉讼，并判决惠湖公司直接偿还中国工商银行巢湖市分行的欠款，“乡企公司”和财贸集团负连带责任。惠湖公司不服一审判决，向安徽省高级人民法院提起上诉，安徽省高级人民法院审理后认为一审法院将惠湖公司、“乡企公司”、财贸集团列为第三人并无不当，但判决第三人向中国工商银行巢湖市分行履行义务不当，改判惠湖公司向皖惠公司返还购房款。惠湖公司不服终审判决，向最高人民法院申请再审，最高人民法院指令安徽省高级人民法院再审，安徽省高级人民法院再审后作出了驳回申诉、维持原判的判决。惠湖公司仍然不服，继续向最高人民法院申请再审，最高人民法院决定由自己进行再审。最高人民法院经再审后认定，原审法院将借款合同关系与房屋买卖合同关系合并审理，把惠湖公司、“乡企公司”、财贸集团列为第三人是错误的，违反了民事诉讼法关于专属管辖的规定，也违反了《严格执行民事诉讼法的若干规定》关于不得将专属管辖案件中的一方当事人作为无独立请求权的第三人的规定，于是撤销了安徽省高级人民法院针对第三人的判决。[32]
