（二）审判组织
关于组织形式。根据国际、国内审判战争犯罪的立法和司法实践，我国国内武装冲突中战争犯罪的审判组织宜采用非常设军事法庭的形式，即根据需要，组建临时性的特别军事法庭，一旦案件审结即予撤销。
关于层级设置。为保障被告人的上诉权，可设立两级审判组织；由于战争犯罪案件案情复杂，涉及国家核心利益，国际社会较为关注，为确保审判质量和效果，宜适当提高审级，即由解放军军事法院组建初级特别军事法庭，负责第一审战争犯罪案件；由最高人民法院组建高级特别军事法庭，负责第二审战争犯罪案件，同时负责死刑案件的复核。
关于法庭组成。鉴于战争犯罪审判的复杂性和敏感性，为保证审判质量，合议庭的法官人数应适当多于刑事诉讼法的规定，如初级特别军事法庭由法官5人至7人，或者由法官和军人陪审员7人至9人组成，高级特别军事法庭审判上诉和抗诉案件，应当由法官3人至5人组成。
（三）审判程序
关于程序立法的原则。一方面，应遵守我国刑事诉讼法的基本原则和制度，如从旧兼从轻原则、无罪推定原则、辩护制度、两审终审制度等；另一方面，还应遵守国际社会公认的司法原则，如个人刑事责任原则、官职无关性原则、上级命令不免责原则、不适用法定时效原则等。
关于具体审判程序。国内武装冲突中的战争犯罪审判除遵守普通刑事审判的一般程序外，有三点特殊情况值得注意。一是管辖制度。虽然我国刑法典第9条规定了普遍管辖条款，但我国目前所缔结或者参加的国际条约中，没有规定国内武装冲突中的战争罪，也没有相应的刑事制裁措施，所以尚没有对他国国内武装冲突中的战争犯罪行使普遍管辖权的具体法律依据。同样，由于我国未签署《罗马规约》，国际刑事法院及其他国家也无权对我国国内武装冲突中的战争犯罪行使普遍管辖权。因此，对我国国内武装冲突中的战争犯罪，能且只能由我国法院行使管辖权。二是辩护制度。应赋予并保障犯罪嫌疑人和被告人的辩护权，但涉及国家秘密特别是军事秘密的案件，其聘请辩护律师应经过法庭审查和批准。三是审判制度。根据日内瓦公约第二附加议定书第6条的规定，被告人享有受审时的在场权。但是被告人经合法传唤拒不到庭的，或未经法庭准许擅自离庭的，合议庭可根据现有证据作出缺席判决。关于二审案件，为慎重起见，一般应开庭审理，事实清楚、证据确实充分的，也可采取书面审的方式。
