第一种是适用现行刑法、刑事诉讼法和人民法院组织法。就实体法而言，虽然我国刑法第10章“军人违反职责罪”中有个别条款涉及战争罪，但没有完成对国际普遍认同战争犯罪规范的国内化工作；而且该法第450条把适用对象限定为我国军职人员，远不能满足追究这类犯罪的需要。就程序法而言，战争犯罪审判有相对独立的运作规则，适用现行法既冲击普通法的整体性，又难顾及战争罪在管辖对象、审判程序等方面的特殊性。就组织法而言，我国目前尚未制定军事法院组织法，《人民法院组织法》对战争犯罪的审判组织也没有相应规定。此方案缺陷明显。
第二种方案是适用相关国际法，包括是日内瓦四公约共同第3条及1977年第二附加议定书、《罗马规约》等有关战争犯罪审判的国际成文法和习惯法。如法国就批准了《罗马规约》，并制定了《与国际刑事法院合作法》。这种方案很难有效维护我国司法主权和国家利益；从前三次司法实践所依据的规约、以及《罗马规约》看，其法庭设置和审判程序都是按照西方司法模式构建的，其追究战争犯罪的方式也不适合我国司法传统和现行制度。
第三种方案是通过修正案方式完善刑法、刑事诉讼法和人民法院组织法等法律，或者制定专门的战争犯罪审判制度，统一规定战争犯罪及刑罚、审判程序、审判机构等内容。如美国联邦法律体系第18编《犯罪与刑事程序法》第118章第2441条、1996年《俄罗斯联邦刑法典》第12编“危害人类和平与安全的罪行”、2002年德国《违法国际法之罪行法典》第二章，都规定了战争罪。比较而言，修正案的方式便于维护普通法的基本精神和原则，而且立法成本较小，易于实施，但内容较分散；单行法的方式的立法成本较高，易引发国际影响，但便于融实体法、程序法和组织法为一体，反映专项立法的整体性和实用性。笔者倾向于后者。
