2、创新的表现领域日益宽广，创新的进程加快，知识产权在促进创新方面的积极作用受到限制。当今时代，生物技术领域、文化遗产、软件和服务方法等领域的变革均可能会带来新一轮的创新热潮。与此同时，技术更新速度更加迅捷，专利保护、软件保护和版权保护的期限对于这样的技术创造是无意义的或者意义不大，即使有局部意义但可能阻碍知识整体的进一步创造。这样的创新所带来的效益并不是因为他们所追求垄断权利产生的，创新的针对性反而是其生命所在。实际上，研究也早已表明，知识产权只是在促进诸如医药、化工等行业的自主创新方面才具有显著优势，在其他行业的作用并不是那么立竿见影。
3、创新的产权激励的替代物，包括秘密、市场领先、技术复杂性和互补资产的控制等，将影响知识产权制度对创新的润泽和激励。从历史上看，科技奖励制度与知识产权制度均曾成为促进创新的政策工具，在肯定知识产权所具有的潜在激励能力的同时，奖励制度的作用也不可替代。除此之外，研究还发现，“市场本身已经提供了足够精确的激励机制。诸如‘声名利益’、‘模仿时滞’、‘向下移动’的学习曲线等天然利益更为重要”。[13]最具反证力的是，大量的非物质文化遗产既不是在有了知识产权保护之后出现的，更不是为了获得某种利益才创作出来的，而是一个民族或者社区的人民智慧、精神和信仰等基于特定的人文背景和地缘结构，在特定时期经过无数传承人创作积淀而成。
4、知识产权对自主创新带来负面影响，特别是它可能影响基础领域的创新。基础领域的创新往往需要“十年磨一剑”。功利性的知识产权制度不仅无法激励更多的基础研究创新，而且实际上它并不能保护基础领域的研究成果，也不能推动创造出更多、更有影响的重大发明和发现。相反，由于知识产权的导引和暗示，创新者往往寻求在应用领域的突破和创新，并将大量的研发人才和资金吸引到了该领域。例如，在药品行业，公司要追求利润，就把研发资金放在能让他们赚钱的药品上，不管其对社会的相对价值有多少。与此形成对应的是，那些能够真正改变人类命运的药品研发却无人问津。
5、网络技术在一定程度改变了创新的路径，影响到知识产权的正面效益的发挥。网络让知识的创造成为互动、双向、动态的进程，知识的创造主体通过网络联系在一起，从而成为知识工作者。如果知识产权制度的理念还停留在保护个别劳动者的私人财富的层面上，利用网络创新就可能受阻。这正如因特网的创始人Tim BernerLee所述，“不论是顺应自由市场的要求，还是遵从人文主义的理想，我们都感到管制是一个错误的理念。……从哲学上讲，如果网络是一个共享资源，它就必须得到无限的发展。从技术的角度看，如果存在着任何一个集中管理的点，那它很快就会成为阻碍网络发展的瓶颈，网络的发展壮大将永无可能，不受管制对网络来说是十分重要的。”[14] （P24）当前网络环境下资源共享受到限制，“数字鸿沟”被人为扩大，就与网络版权的强势影响有着密切的关联。
6、知识产权在促进技术、文化进步的同时，带来智力资源分配的诸多不均衡。就专利权而言，技术进步在专利制度的维护下会助长收入不均。美联储主席伯南克认为，因特网等新技术对高技能工作者生产率的提高幅度大于对低技能工作者的提高幅度。与全球化相比，科技应该对收入分配失衡负更大的责任。[15]除此之外，大量的数据还表明，“美国的专利制度在提供刺激因素，促进更多、更伟大的发明方面，一直是极为成功的。在那些专利制度不那么发达、不那么完善的国家中，可获专利之发明的产生数量似乎也远不如美国那么多。”[16] （导论P9-11）这就说明，在技术发展程度不同的国家，知识产权促进创新的功能并非等同。
（三）知识产权战略的正当性之二：与自主创新的同步性及其综合性
