三、行政处罚与刑事处罚在程序上的区分与衔接
多数情况下，逃税首先由税务部门发现，当税务部门发现逃税行为触犯刑法时，就应将案件移交给司法部门。因此，如何衔接好行政程序与司法程序的双向互动，对于加强对逃税行为公法控制，规范税收管理秩序意义重大。
（一）行政处罚与刑事处罚证据标准的衔接问题
对逃税行为的行政处罚和对逃税罪行的刑事责任追究都离不开证据证明，而且举证责任在于税务机关和司法机关。但由于行政处罚与刑事处罚对违法行为者的影响具有质的差别，案件事实所要达到的证明程度，即证明标准相应地有很大差别。[6]通说认为，在刑事责任追究中证据必须达到“排除一切合理怀疑”的标准；而行政处罚的证据则应当达到“实质性的证据”或“清楚、令人明白、信服的标准”，这个标准低于“排除一切合理怀疑”的标准，但高于民事案件中的“占优势盖然性证据”标准。[7]故在实践中，可能出现税务机关根据行政处罚的证据要求所证明的相对人逃税行为，因达不到刑事责任追究的证据要求而被司法机关变更或否定（如“不认为是犯罪或者免于刑事处罚”），但在此情形下，只要达到法定的证据标准，税务机关仍然可以维持先前对逃税行为进行认定、处理和处罚，而不受司法认定的影响。
（二）税务机关与公安机关分工方式以及行政处罚与刑事处罚的重新确定
修正案的最大亮点在于增加了对逃税罪不予追究刑事责任的特殊规定，根据第四款，纳税人是否补缴税款、缴纳滞纳金、接受税务机关行政处罚成为能否追究逃税初犯刑事责任的先决条件，这个规定将不可避免的对税务机关与公安机关在办理逃税案件上的分工合作方式带来变化。因为根据修正案以及其体现的刑事立法精神，对逃税行为是否追究刑事责任将根据违法者是否积极与税务机关配合，补缴税款、缴纳滞纳金、接受税务机关行政处罚为前提，因此，对于需要追究刑事责任的逃税案件，公安机关等待税务机关现行查处和移送就成为一个符合逻辑的必然选择。
修正案的这一逻辑结果，对于“涉嫌犯罪的逃税行为，税务机关在移送司法机关之前能否先行给予税务行政处罚，特别是能否罚款”的问题也有重大影响，此前，对于这个问题，存在争论。否定观点认为：税务机关应当在行政处罚之前将案件移交给司法机关，否则将违背“重罚吸收轻罚，刑事处罚吸收行政处罚”和“一事不二罚”原则。[8]而肯定的观点似乎更有说服力：构成逃税罪的行为同时也是税收行政法意义上的逃税行为，故对之处以行政处罚并追究刑事责任并不违反“吸收原则”。另外，如果逃税行为被追究刑事责任，将其之前已受过的行政处罚罚款依法折抵罚金，[9]也并不违反“一事不二罚”原则。实践中，不允许税收行政机关先行作出行政处罚也会带来诸多弊端，等等。[10]从刑法修正案来看，税务机关对于涉嫌逃税罪的违法行为应当先行行政处罚，从而为这种争论提供了明确的、终局性的法律回答。
