2．政治犯罪的限制
什么是政治犯罪，香港与外国签订的刑事司法协助协议中并没有明确规定，但只要缔约双方认为有关的协助要求是涉及政治性质的罪行，就不得予以协助。
3．军事犯罪的限制
现代各国一般都认为，刑事司法协助属于普通刑事法上的事务，不涉及军法领域，对任何军事法的犯罪行为，都不在刑事司法协助的范畴之内。 所以，香港与外国签订的刑事司法协助协议规定，有关的协助要求如果涉及只在军法下才构成的罪行，而在一般刑法下则不构成犯罪的，不得予以协助。
4．歧视性政策的限制
香港与外国签订的刑事司法协助协议规定，有充分理由相信有关的协助要求将会引致某人基于其种族、性别、宗教、国籍或政治见解而蒙受不利，应拒绝予以协助。这一规定体现了保护人权的精神。
5．刑事诉讼消失的限制
进行国际刑事司法协助的目的在于实现刑事诉讼的功能，如果发生了导致刑事诉讼消灭的某种事实，再行诉诸司法协助则已经没有意义。所以，香港与外国签订的刑事司法协助协议规定：当“有关的协助要求关乎就某一罪行而对某人进行检控，而该人已因同一罪行在被要求方管辖区被定罪、裁定无罪或赦免；或该罪行假使是在被要求方的管辖区触犯，亦会由于时效消失而不能再进行检控”时， 在这种情况下不得予以协助。
6．双重犯罪的限制
关于双重犯罪的限制，香港与外国签订的刑事司法协助协议规定：被要求方的司法协助中心机关认为被指称构成刑事罪行的作为或不作为，如在被要求方的管辖区发生并不构成刑事罪行；或者不论此类作为或不作为在被要求方的管辖区是否构成罪行，都不会在要求方的管辖区构成本协议附件内所述的任何类别的罪行，对于这些情况，被要求方的司法协助中心机关必须拒绝提供协助。 也就是说，只有对依照要求方和被要求方两地刑事法律规定都构成犯罪的行为，才可以提供协助。
但是，香港与美国签订的协议中特别约定，基于双方的共识，对于涉及例如贩毒、劫机及其它恐怖活动罪行，违反保护知识产权法律的罪行，以及涉及非法入境的罪行，不论被指称构成罪行的作为或不作为在被要求方的法律规定下会否构成罪行，缔约双方都同意就有关罪行的调查、检控和诉讼提供协助。其具体的罪行包括：（1）违反有关清洗黑钱的法律的罪行；（2）对政府的诈骗行为，包括实际上剥夺政府或其机构的金钱、有价值的财产或者政府或其机构在不受虚假陈述及瞒骗的情况下执行其职务的能力的行为；（3）有关涉及税项、关税、外汇管制或其它税务事项的刑事罪行（但不包括就涉及该等罪行的非刑事诉讼提供协助）；（4）违反有关对外贪污行为的法律的罪行；（5）有关出口管制的罪行，包括规避有关管制货品或武器出口的法律的行为，以及违反有关管制任何类别货品的出口或进口的法律的其它罪行；（6）侵害儿童的刑事罪行，无论其为性侵害或其它目的，包括儿童色情方面的商业交易；（7）违反有关有组织罪行及敲诈勒索的法律的罪行；及（8）经缔约双方的司法协助中心机关磋商后不时通过交换外交照会而商定的其它罪行。
