（二）行政法官的独立性问题
在法国，行政法官的独立性倍受质疑，主要体现在如下两个方面：
其一，行政法官身兼两种职责，即行政职能和司法职能。一般而言，最高行政法院的行政职能要优于司法职能，而上诉行政法院和初审行政法院则刚好相反，司法职能要优于行政职能。司法职能和行政职能的混合性引发了一些相当棘手的问题：例如最高行政法院已对某一法令草案提供了肯定的意见，但利害关系人随即对该法令向最高行政法院诉讼部门起诉，则最高行政法院作为利益关系方如何独立公正裁判案件？行政法官的双重职责甚至影响到职业培训的课程设置，究竟以行政职能培训为主，抑或是以裁判职能为主。对此，最高行政法院在1973年3月2日Arbousset女士案件中确立了回避制度，旨在保证行政法官双重职责下的独立性和公正性。但此举效果如何，学界依然意见分歧。行政法官的双重职责无疑已成为独立裁判的一大隐患。
其二，政治权力介入的风险。与司法法官不同，行政法官并不享有终身不可罢免权。相反，他与其它公务员一样须履行谨慎义务。这便使政治权力介入成为可能。在某些情况下，行政机关可能对某些司法判决比较敏感，进而通过各种手段干预行政法院的人员组成乃至决策和裁判。例如，1960年最高行政法院法官André Jacomet便曾因反对法国的阿尔及利亚政策而被免职。为消除这一风险，一些法国学者主张确立行政法官终身不被罢免的权利。但这又与行政法官的职责定性相背，在理论上难以协调。因此，如何在角色定位和裁判独立之间寻求最佳契合点，这俨然已成为摆在法国行政法学家面前的一大难题。
（三）行政法院与司法法院、欧共体法院及欧洲人权法院的协调问题。
一如前述，行政法院和司法法院在职权管辖上存在交叉和分歧。在许多情况下，当事人很难辩明有管辖权的法院。这在某种程度上延缓了诉讼的进程。但问题并不止于此。在一些情况下，司法法院和行政法院还经常对某些问题存在严重的意见分歧，动摇了公众对裁判及“正义”的信心。例如，依权限争议法院所确立的判例，审判民事案件的法院既不能对行政行为的合法进行审查判断，也不能对行政行为中不具有规范特征的行为进行解释。但这一规定是否适用于刑事领域，最高法院和最高行政法院持截然不同态度。最高法院依《刑法典》第111-5条之规定认为，“在刑事领域，当刑事诉讼案件的判决有赖于这种审查时，司法法院完全有权力对行政行为（无论其是否具有规范性特征）作出解释，并有权对行政行为的合法性作出判断”。但最高行政法院则持完全相反的态度，要求刑事法院将此类案件移交行政法院审理。此外，最高法院和最高行政法院在判决既判力方面也存有极大争议（参见1996年2月2日的法律）。其实，二元化的裁判体制是一种“并行”式的法院结构，而非“对抗式”。否则，纠纷将始于管辖争议，终于裁判争议，国家的司法权配置也必将一团混乱，更勿逞司法权威和权利保障等司法目标。因此，强化司法法院和行政法院之间的分工与配合已成为当前法国行政诉讼所面临的一大重要课题。
除此之外，行政法院和欧共体法院及欧洲人权法院之间的互动和交流也值得引起关注。随着欧共体一体化进程的加速，法国立法者开始转化大量的欧盟指令，其中部分涉及行政条例。最高行政法院在指令转化过程中的咨询职能自然随之强化。另外，欧共体法院以及欧洲人权法院的判决也对法国行政诉讼的发展发挥着重要作用。例如，欧洲人权法院对《欧洲人权公约》第6-1条关于公正程序的解释便对法国行政诉讼产生极大影响（尤其是对抗原则和平等武装原则）。法国行政法院应如何在判例中体现欧洲人权法院及欧共体法院所确立的基本理念以避免国家在相关诉讼中承担否定性后果？这也是主导法国行政诉讼发展的一大要因及观察点。
