权利质权制度所遇到的第三个困惑来自于登记移转理论。在发现有些权利质权不能通过证书的交付来达到占有移转的目的后，一些立法例又将登记作为占有移转的表征。例如，《法国商法典》第91条第3款规定，以在公司注册簿上过户方式进行转让的金融、工业、商业或民事公司的记名股份、受益股和公司债，以及国家债权人名册上登记的记名债权，也可作为担保通过在上述的注册簿上过户方式设定质押。此外，在知识产权质权问题上，几乎所有的国家都将知识产权质权的设质登记作为质权的生效要件。那么，上述这些设质登记是否必然意味着财产权的占有移转，或者说该财产权的行使权由出质人移转至质权人手中了呢？显然不是，因为设质登记仅仅是表明该财产权已处于出质状态，出质人不能对它随意处分，而不意味着出质人已将该权利交由质权人行使或对其进行自由支配，质权人对这些权利的控制力极为有限，当然不能解释说该财产权已经移转占有。
权利质权制度所遇到的第四个困惑来自于与权利抵押权的关系协调问题。通说认为，权利抵押权是以所有权以外不动产物权或准物权为标的的抵押权，如以地上权、永佃权等权利为对象的抵押权。罗马法及近现代一些国家的民事立法均确立了权利抵押权制度，例如，德国《地上权条例》第11条、第12条规定，地上权可以独立地作为抵押权的标的。在土地上有建筑时，建筑应该随同地上权抵押。《日本民法典》第369条第2款也明确肯定地上权及永佃权也可为抵押权的标的，准用不动产抵押的规定。显然，权利抵押权和权利质权的共同点表现在二者均以可转让的财产权利为标的，只不过权利抵押权的标的仅为不动产的用益物权而权利质权的标的相对广泛得多而已，债权、证券上的权利、知识产权等权利均可作为权利质权的标的。那么，仅根据用以担保的标的的不同而将其区分开来是否具有必然的合理性呢？如果从上述担保权的设定来看，这种区分的意义已日趋淡漠。一是因为类使动产的权利与类似不动产的权利的界限越来越模糊，人们很难对一些财产权作出准确的划分。按照传统民法的理论，有形财产可划分为动产和不动产，设定于有形财产之上的权利可根据其附属财产的性质而划分为动产和不动产，即附属于动产上的权利通常被认为具有动产性质，附属于不动产之上的权利被认为具有不动产性质，[8]例如有价证券上的权利被认为是动产权利，而土地上的用益权被认为是不动产权利。但在现代社会，作出这种区分日益困难，一些权利如知识产权、股权很难说它们是属于动产上的权利还是属于不动产上的权利。《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国担保法＞若干问题的解释》第97条曾规定， “以公路桥梁、公路隧道或者公路渡口等不动产收益权出质的，按照担保法第七十五条第（四）项的规定处理。”也即，不动产的收益权如公路桥梁、公路隧道、公路渡口等收费权可以作为担保法第75条第4项所规定的“依法可以质押的其他权利”来质押。结果是这一做法遭到了不少批评，因为按照传统民法的理论，不动产收益权上设定的担保似乎应作为权利抵押权来对待。二是因为权利质权在设定方面已越来越接近于权利抵押权，二者之间出现了交融局面。例如，在目前各国所设立的权利质权制度中，多数权利质权在设定之时需要通过登记方式进行公示，这与权利抵押权的设定几乎一致，难怪有些学者明确指出，权利质权虽名为质权，但其担保的作用反近于抵押权，谓之介于一般质权与抵押权之中间领域，亦无不可。[9]在这种背景下，人为地根据标的的差异来区分权利质权与权利抵押权，难免会让立法者和司法者感到十分棘手和困惑。
