（二）再审期间言词证据矛盾现象更为突出
我国现行刑事诉讼法将犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解以及证人证言确定为法定的证据类型，这些证据对查明案件事实发挥着重要作用。但上述证据所具有的易变性的特点也直接导致了在申诉和再审阶段改变原有言词证据成为普遍现象，其主要理由集中在原来的供述是在受到刑讯逼供的情形下做出的，并提供原审时证明其有罪的证人甚至是被害人做出的对其有利的证词予以证明，这种现象在言词证据往往多于实物证据的贪污受贿类犯罪中尤为明显。究其原因，除原判据以认定事实的言词证据确实存在问题外，另外一个重要因素则是侦查机关在侦查过程中对证据的形成不够完整、严谨，为被告人申诉留下了“借口”。翻供翻证现象的普遍存在增加了主要靠言词证据定案的职务犯罪再审案件审理的难度，证据和事实认定的复杂性更为突出，这对于法官审查核实证据，准确认定案件事实，并最终作出准确的裁判提出更高要求。
（三）非法证据的审核与认定存在困难
在再审中，对非法证据的审核与认定是一个难点，刑事诉讼法虽然规定了非法证据排除规则，相关司法解释也对严禁非法收集证据做出了明确规定，但这些规定过于简单、概括和抽象，尤其是对于非法证据有无证据能力以及如何审核认定等并未做出具体规定，这导致在司法实践中对非法证据的认定存在困难。在再审阶段突出表现为被告人以刑讯逼供为由推翻原来供述，但往往在庭审中无法举证其是否被刑讯逼供以及被谁逼供，在此情况下，公诉机关通常不愿意让侦查人员出庭作证，侦查人员即使出庭作证，也不会在庭审中主动陈述自己的行为违法。如果法院简单的否认刑讯逼供的存在，则不利于保障被告人的人权，有违现代司法理念；如果法院认定刑讯逼供存在，在现有证据规则下又无法取得充分证据证明。审判实践中，这类证据的举证责任的分配是一大难题，对此实践中做法不一，有的法院对当事人提出的刑讯逼供的申诉理由，告知当事人向侦查机关的上一级机关进行申诉，由侦查机关自行监督；有的告知当事人向检察机关申诉，由检察机关进行检察监督；而有的法院则要求当事人提供侦查机关刑讯逼供的证据，当事人无法提供证据证明的则一般不予采信。
（四）对新证据的审查标准界定模糊
