总之，大法官会议的一系列解释虽然不断通过学术自由的制度性保障理论来强调对大学自治的保护，但是出于对传统特别权力关系的戒备，对大学事务也不敢完全交给大学自理，担心特别权力关系轻易变脸为大学自治而损害学生和教师的基本权利，总是有意无意向“大学法”第1条第2款靠拢。但是依靠着“违宪”审查的刹手铜，在个案中又总是向大学自治倾斜，如在450号解释中，就对“大学法”及其“实施细则”侵犯大学内部机构设置自主权的规定亮了红牌，虽然没有给出法律介入的准确尺寸，但通过列举大学自治范围的方法已经在事实上建立了一个避免法律不当介入的防火墙。总的看来，从380号直到563号，大法官的态度一直在摇摆之中，对大学自治与法律保留的关系并没有一以贯之的明确态度，直到2007年的626号解释，才明确大学自治规章没有法律保留原则的适用。
三、台湾行政法院对大学自治和法律保留之关系的态度
大法官态度暧昧使得在实务中出现了二一退学等备受争议的案例，在这些案例中，法院将退学等足以改变其学生身分并损及其受教育机会的处分视为重要事项，进而主张适用法律保留原则。法院出于维护学生基本权利的目的而受到人权组织的支持，但却遭受教育界的极大反弹，担心大学自治会被立法者掏空而丧失其制度性保障价值。“最高行政法院”(2000年以前为一审制的行政法院）洞若观火，自382号解释破除大学特别权力关系传统而许可对大学提起诉讼以来，还没有出现过利用法律保留原则否定大学自治行为的判决，对一审中偶尔出现的否定判决也在上诉审中以大学自治不适用法律保留原则为由予以废弃，正是“最高行政法院”的坚持，使“大学法”第1条第2款未完全束缚大学自治。
在警察大学拒绝色盲学生入学案中，[3]“最高行政法院”认为“大学法”第1条第2款“指明自治权之行使，不得与法律之规定相违背，殊不能解为须经法律授权，始有自治范围”，显然法院施展了乾坤大挪移的手段而将“大学法”第1条第2款的含义由法律保留解释为法律优位，以此为基础，法院进而认为，大学自治事项“其影响于学生权益者，所在多有，惟属教学自由本质上之需求所生之当然结果，基于保障教学自由之本旨，仍应任由大学自治，不能反以学生有受教育权或学习权之存在，认在此范围内有法律保留原则之适用，致失‘宪法’对于大学自治设为制度性保障之规范价值。”
在备受争议的世新大学二一退学案中，[4]某学生因一学期所修学分达二分之一不及格，被学校依校规予以退学处分。一审法院虽然以二一退学的校规未有“大学法”和“学位授予法”的明确授权，违背了法律保留原则为由，而认定无效，但法院并没有认定大学自治要当然适用法律保留，实际上该判决是通过限缩大学自治范围的方式来否定大学自治规章的效力，也就是说，一审法院认为人民受教育权和学生学习权，并非学术自由的构成部分，不在大学自治保障范围，因此应受法律保留的限制，显然一审判决也隐含了大学自治并不适用法律保留的前提。不过，这种对大学自治范围的限缩不仅与通说相背离，而且也违反了380号和450号等相关解释中关于大学自治范围的界定，自然在二审中被废弃。“最高行政法院”明确表示大学自治事项属于学术自由事项，应由大学自由决定，在此自由决定之自治范围内，并无法律保留原则之适用，大学自治为学术自由所应建制之范围，无待于法律授权，涉及大学对学生学习能力之评价，及学术水平之维护，与大学之研究及教学有直接关系，影响大学之学术发展与经营特性，属大学自治之范围，既无法律另设规定，则大学自为规定，不能以学生有受教育权或学习权之存在，认在此范围内有法律保留原则之适用。类似判决还有中正大学二一退学案、私立吴凤技术学院某生因操行不合格退学案、台湾清华大学某博士生考试不及格退学案等。[5]
