在具有基础性地位的第380号解释中，大法官认为学术问题应由各大学依据大学自治与学术责任原则处理，但并未涉及法律和大学自治冲突时的处理原则问题。在450号解释中，针对“大学法”及其“实施细则”中大学应设置军训室及护理室这一规定，大法官认为大学内部机构设置属于大学自治范畴，“大学法”及其“实施细则”强令大学设立内部机构已侵犯了大学自治原则。显然，本解释认为立法者无权通过法律来侵害大学自治，制度性保障理论成为保护大学自治的利器。同时，该解释所涉及的个案也表明法律保留原则和大学自治并非当然的和谐一致，法律保留也可能侵害大学自治，在基本权利保障成为立宪的核心制度之时，制度性保障并未过时。在563号解释中，大法官一方面承认“立法机关对有关全国性之大学教育事项，固得制定法律予以适度之规范”，另一方面则强调“大学于合理范围内仍享有自主权”，显然大法官力图在大学自治和法律保留之间保持平衡。到了626号解释，大法官会议进一步明确了大学自治不适用法律保留，强调大学对于入学资格等教学、研究与学习之事项，享有自治权，自得以其自治规章，于合理及必要之范围内，订定相关入学资格条件，不生违反法律保留原则的问题。此解释一出，使得大学自治事项完全排除了法律保留原则的适用。
再次，高压政治和威权的传统又使得大法官们习惯于将大学纳入“国家”体制之中，试图在法律层面寻找大学自治的依据，把大学事项视为立法机关的当然权力，与“大学法”第1条第2款的意旨相一致。382号解释将公立学校定位于行政机关，私立学校则被视为法律在特定范围内授与行使公权力的教育机构，在行使录取学生、确定学籍、奖惩学生、核发毕业或学位证书等权限时具有与行政机关相当的地位。大法官出于破除特别权力关系将大学自治纳入司法审查的需要而做出此种解释，其初衷可嘉，因为特别权力关系理论在台湾根深蒂固，对民众基本权利戕害至深，虽然大法官会议连续做成187号、201号、243号、266号、295号、298号、312号、323号和338号等一系列解释，许可提起行政诉讼，但上述解释皆针对公务员勤务关系，而许可受到处分的学生提起行政诉讼则是从382号解释开始的。该解释将大学界定为行政机关固然可以解决其行政诉讼主体地位问题，却采用了法律授权说，大学与“国家”、地方自治团体和其他行政主体之间如果不进行进一步区分，其负面效果也极其明显：行政从属于立法原则使法律保留成为必然，可能会在根本上动摇大学自治的制度性保障功能。382号解释中留下的隐患使得380号解释引入的制度保障理论打了折扣，表现在450号解释中，大法官认为“国家”为健全大学组织，有利大学教育宗旨的实现，得以法律规定大学内部组织的主要架构，在563号解释中大法官又重申，立法机关对有关全国性之大学教育事项，得制定法律予以适度之规范。
当然，这些表述并不意味着对制度性保障的放弃，因为即使在制度性保障理论之下，立法机关也可以制定法律来规范大学事务，确保大学以学术自由为核心的运行机制能够符合宪法基本价值和自由秩序，但是大法官对法律介入的分寸却没有给出一个基本判断标准，因为适用法律保留原则也是一种法律介入，两种法律介入具有实质的不同，如何区分制度性保障下的法律介入和依法行政下的法律介入成为解决大学自治和法律保留之关系的关键。依据制度保障说，法律介入大学事务的根本目的在于确保大学自治纳入宪政秩序，规范密度必须以实现学术适当性为前提，采用一种框架式的规范结构，依据比例原则进行最少、最必要的规制，凡直接与教学、科研和学习等学术自由权有关事项，法律固然为保证学术秩序的公正而进行一定介入，但这种介入只能基于学术理由，且此种规范应以任意性规范为主，不宜以强制性规范来完全剥夺大学自主空间。因此，制度保障说下的法律介入完全不同于法律保留原则中的法律全面垄断，但大法官们没有明确区分二者，反而在382号解释中用法律保留中重要性事项的法律介入来代替制度性保障下的法律介入，其结果只能是方枘圆凿，格格不入，无法找到大学自治和法律介入的平衡点。
