大学自治依赖于立宪者而不是立法者，因此并无法律保留原则的适用。在三权分立的宪政结构之下，法律保留原则意在维护立法机关对行政机关的制约，通过无法律即无行政原则以强化行政对代表民意的立法机关的从属性，同时法律保留也成为立法机关的自我约束，要求立法者履行立法义务，限制授权立法，其核心是避免行政僭越国会。大学与立法机关之间并非行政与立法的关系，大学自治并非法律所创，当现行法律存在空白时，大学依然能在宪法的支持下制定校规来实现自治。
但大学自治并非要独享治外法权，不能逸出国家法的效力范围：一方面，在国家法成为官方主要的社会治理工具的背景下，单纯依靠社会自治显然不可能；另一方面，无论是地方自治还是社会自治都不能侵害成员的基本权利，自治规章都要接受体现民主和法治价值的国家法的检验。
大学自治接受国家法两个层面的检验：一是大学自治来源于宪法，当然要从属宪法，大学自治规章要纳入国家宪政秩序之中，要和民主法治和基本人权保护等价值相一致，要接受违宪审查；二是要遵从法律优位原则，不能与法律相冲突。适用法律优位原则，不仅可以约束大学自治以免超出国家立法监督的范围，而且保证了大学自治的空间，避免由于法律空白而带来大学的无所作为。
二、台湾大法官会议对大学自治和法律保留之关系的认识
台湾“司法院”大法官会议作为“释宪”机关，主要是针对具体个案中法律适用问题进行解释，这种个案化的解决问题机制使得大法官们出于应急之需而不得不就事论事，并无机会将大学自治问题进行体系化的阐述，对大学自治和法律保留二者关系，难免存有在不同的解释中各说各话的缺憾。
首先，大法官会议自解严之后力图改变曾经留给民众的专制附庸的传统形象，慢慢回归其设立本旨，对基本权利保护问题逐渐发声，从保护学术自由的高度强调大学自治。几年来连续出台了380号、450号、462号、563号和626号关于大学自治事项的解释。380号解释作为一个里程碑，从一开始就为大学自治划定了一个较宽的范围，包括学术研究、教学和学习、管理机构等诸方面。其中，学术研究涵盖与探讨学问发现真理有关的所有事项，诸如研究动机形成、计划提出、研究人员组成、预算筹措分配、研究成果发表等；教学与学习事项，涵盖了课程设计、科目订定、讲授内容、学力评定、考试规则、学生选择科系与课程自由以及学生自治等；管理机构则包括大学内部组织、教师聘任及资格评量等等。在380号之后的一系列解释主要针对大学内部组织设立、教师职称升等、研究生学位考试标准和入学考试资格等专门事项，并未超出380号解释的范围。
其次，大法官们大多具有欧陆留学背景，易于接受实质法治国、制度性保障等先进理念，在380号、450号等解释中引进德国的制度性保障理论，将大学自治视为学术自由的制度性保障。大学自治与法律有了相对的独立性，大学有关学术自由事项由各大学自主决定，拒绝立法机关对大学事务的过度介入，正是这种处理大学自治的基调，才使得大法官们没有被“大学法”第1条第2款完全套牢。
