但是，立即得出行政复议委员会制度“是合法的”这个结论仍为时尚早！对于合法性的界定，不同的法律流派有不同的解答。“法律实证主义强调法律是主权者的命令，努力将价值判断排斥于合法性考察之外，从而建立一个‘实在王国’；自然法学则始终主张将神意、自然理性、人类尊严等价值因素纳入法律考察范围，在实在法之上设定更高的正义法或‘高级法’的要求。”{7}两者一个追求的是形式合法，一个追求的是实质合法。行政复议委员会制度的有关规定虽然没有违反《宪法》、《行政复议法》等相关法律规定，但作为关系到复议申请人的切身利益的复议管辖机制仅由国务院的一个通知而不是通过立法机构制定法律来变更，显然忽略了对实在法以上的价值判断，并不具备实质法治上的“合法性”。
综上所述，笔者认为，行政复议委员会制度只是具有形式意义上的合法性的一个“擦边球”而已，这也是行政复议委员会制度法理基础所面临的最大困境，是导致其诸多弊端的根本性的原因。
2．与复议申请人自主选择权的矛盾
行政复议是弥补行政相对人所受损害的主要行政救济手段之一，是调控国家积极行政的重要手段，这就必然要求行政复议必须保持其公正性和效率性等特征，而行政复议公正性的一个重要体现就是充分赋予申请人对行政复议机关的自主选择权。我国《行政复议法》第12条就规定：对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。此条明文规定了对于非垂直领导的行政机关可以申请复议。行政复议申请人具有自主的选择权，由其根据具体情形自主决定向哪个行政机关提出复议申请，这样一来，虽将行政复议的管辖机制复杂化了，但从另一方面来讲则可以确保当事人能自主选择复议机关，更能提升行政复议决定的公信力。然而行政复议委员会制度却设定了相对集中复议机制，规定行政复议申请人只能向行政复议委员会提起复议申请，取消了上一级主管部门的复议受理和审议权，“明目张胆”的剥夺了行政复议申请人的选择权，违反《行政复议法》的内在精神要求。
另外，按照行政复议委员会制度的规定，一级政府工作部门的复议案件的受理权和审议权都集中由该级政府设立的行政复议委员会行使，结合《行政复议法》第12条的规定：上一级政府工作部门可以直接受理下级政府工作部门的行政复议，可以得出结论—上一级政府设立的行政复议委员会亦可以受理下级政府工作部门的复议案件。然而，实践中各试行省市规定的都是行政复议委员会统一受理和审查的只是下一级政府和本级政府所属部门及其派出机构作为被申请人的行政复议案件，对于下一级政府工作部门的复议申请则不予受理。如此一来，不仅使得复议申请人在横向平级复议机关的选择权上受到限制，在纵向的不同级别的复议机关的选择权上也受到了一定的限制，复议申请人的权利受到了很大的制约。
