(1)实践中，很多诸如像仲裁审理范围和先前裁决的既判力等与争议的实体内容紧密相连的问题，不经实体审理根本无法认定。仲裁委员会只能对那些产生于仲裁协议本身的管辖权异议做出裁定，如有关仲裁机构的约定是否不明等。一旦管辖权异议涉及到仲裁协议的签约背景等实体问题时，仲裁委员会只能在其作出有管辖权的《决定》中写明：有些问题“待仲裁庭进行实体审理后再作出认定”。这就可能导致仲裁委员会和仲裁庭对某一事实的认定产生结论上的矛盾。
(2)从权力性质来看，仲裁权只能由仲裁庭行使。仲裁机构的职能主要体现在审查受理阶段中，从性质上看，仲裁机构的这种权力是一种仲裁程序上的管理权，绝非仲裁管辖权。仲裁机构对仲裁协议的审查也仅局限于形式上的审查，其并不具有终局决定案件是否受理的权力，即并非仲裁机构认为符合受理条件，仲裁庭就必须进行审理。（注：乔欣：《仲裁程序公正与权利保障——仲裁权研究》，法律出版社，2001年，第146页。）因此，若将仲裁管辖权归属于仲裁委员会就意味着仲裁委员会在行使当事人赋予仲裁庭的权力，这既与当事人的意愿不符也违背了仲裁庭独立审案的原则。
(3)《仲裁法》第20条的规定有碍于仲裁效率的提高，与管辖权／管辖权理论的要义相悖。管辖权／管辖权理论旨在排除法院的过多干预和当事人恶意拖延程序从而提高仲裁效率。倘若仲裁委员会决定仲裁庭的管辖权实际上等于将权力交给了另外一家不叫法院的法院。当事人提出管辖权异议时，仲裁程序仍难逃停止下来之命运，仲裁程序的拖延在所难免。（注：赵健：《国际商事仲裁的司法监督》，法律出版社，2000年，第102页。）而维持仲裁程序使其成为一个相对自足的程序，有利于仲裁的发展与仲裁“效益”目标的实现。（注：参见宁敏、宋连斌：《评国际商事仲裁中的管辖权原则》，《法学评论》2000年第2期。）换一个角度来说，仲裁委员会对仲裁管辖权异议的“越俎代庖”易使仲裁员产生依赖心理，推迟了仲裁员接触案件的时间，减少了其深入了解案情的机会，不利于仲裁员公正独立、认真负责地审理案件。
（二）有关仲裁程序指挥权归属之现状及分析
仲裁庭在具体审理案件的过程中，需要处理大量的程序性事项，这些看似细微的环节一旦处理不当将会影响到整个案件的审事，因此各仲裁机构都在其仲裁规则中明确授以仲裁庭对这些程序性事项的决定权，有学者将其称为仲裁程序指挥权。（注：乔欣：《仲裁程序公正与权利保障——仲裁权研究》，法律出版社，2001年，第218页。）
