必须指出，在各成员国援引风险预防原则来证明基于卫生或环境理由的规制措施的正当性方面，法院采取了明显不同的态度，更严格地详细审查各成员国的科学不确定性主张，且不允许各成员国以风险防范原则为由脱离在共同体层次上采取的协调行动。在2001年一项有关疯牛病的案件中，法国拒绝依据共同体的决定取消对英国牛肉的禁令。法国认为，欧盟委员会未考虑到某一委员会科学咨询机构关于疯牛病传播途径的少数者意见以及法国食品安全部门的科学结论，违拗了风险预防原则。欧洲法院予以驳回。[25]因此，有人评论说，成员国不可援引风险预防原则来规制欧盟委员会认为不重要的风险。[26]
在“丹麦浓缩食品案”中，丹麦依据风险防范原则指出，由于不能依充分科学确定性决定掺加在日用食品上的维生素与矿物质的毒性，可禁止在其它成员国合法生产或销售的“浓缩”食品在丹麦销售；欧盟委员会根据欧共体条约第28条起诉丹麦。[27]欧洲法院尽管承认各成员国具有在未协调条件下选择自身保护水平和风险规制措施的自主权，但认为，任何关于健康风险存在的主张都必须依据可得到的最可靠的科学证据和国际研究的最新结果。如果进行了综合性风险评估，“因研究结果的不充分性、非结论性或不精确性，表明不可能确定地查明风险的存在与否或程度大小，但对公共卫生真实损害的可能性仍在持续如，则风险防范原则证明（成员国）采取限制性措施是合理的”；即使在此类不确定性不存在的情况下，成员的风险防范措施必须是相称的，丹麦的做法没有达到法院确立的条件，因为“它全面禁止销售所有添加维生素与矿物质的食品，没有根据不同的维生素和矿物质或添加它们可能给公共卫生带来的风险水平进行区别对待。” [28]
所以，欧盟司法机构倾向于支持共同体机构设计的旨在确保“高水平卫生与环境保护”目标的风险规制措施，但否定各成员国提出的单方面的措施，避免破坏内部市场的运行。这一方面是达成贸易与健康、环境的微妙平衡，另一方面也表明，在科学不确定性背景下虽然可针对“真实的”而不是“假设的”风险采取防范措施，但仍需要符合风险评估的程序要求。 不过，无论如何，科学只能够给风险规制提供数据信息，当涉及到风险是否能被社会接受的问题时，或者说如何确定“高水平保护”的范围，便需要作为社会价值判断的标尺。但是，欧盟规制机构的判断基本上是基于利益折衷。这造成了司法审查的窘境。在有关转基因食品案的案件中，欧洲法院对于规制措施与风险评估之间的关系摇摆不定。
相比之下，美国“似乎依靠美国法院对联邦机构的技术治理合法性的信任，特别是国会委托的规制复杂技术导致的卫生与环境风险的任务。”[29]其中，作为风险评估组成部分的“成本-收益”分析实际上充当了社会价值判断的工具。针对“由专家来决定大多数的政策”的批评，学者辩护说，“成本收益分析是促进民主目标”的重要工具，因为它能够确保对规制后果的报告能为官员和全体公众所了解。“当然，美国通过发展协商民主制度，让公众更多地参与风险规制来获取对专家风险评估的信任。[30]
三
我们知道，科学无国界，提出具有普遍适用性的科学主张是可能的，但涉及到各国社会价值与经济因素的主张则不可能为所有WTO成员共享。如果基于各国自己社会价值与经济因素来决定风险规制措施的选择，则SPS协定恐怕再无法协调各成员的限制贸易的卫生措施。在牛肉激素案中，专家组也曾尝试将科学风险评估从政策风险管理中分开。因此，希望施加SPS措施的成员将需要决定它能够接受的潜在负面影响的程度，其中的负面影响与风险评估中界定的特定物质有关。然而，如WTO及各成员有关SPS争端的实践所表明，这种宽阔的困难是，科学不确定性的出现使得很难在决策的科学与政治方面维持明确的界限。澳大利亚鲑鱼案就提出的这样的问题：进入风险评估程序中的政策因素究竟是一种对科学不确定性的有效应对，还是让不可接受的政策风险评估因素介入科学风险评估？183在此案中，WTO争端解决机构寻求通过给将要进行的科学风险评估的性质施加更苛刻的要求来解决这一问题，[31]类似于美国最高法院在苯案中判决所提出的严格的风险评估方面的程序性要求。而且，如同欧美法院，WTO争端机构，并未否定政策选择对科学因素的影响，承认影响公众风险感觉的非科学因素。如上诉机构所指出：”不仅包括在严格控制条件下的科学实验操作中可查明的风险，而且指人类社会的风险，如同它们实际上存在，换言之，在人们生活、工作与死亡的真实世界中的对人类健康的负面影响的实际潜能。“然而，WTO争端解决机构虽然”牢记：在涉及到对人类健康的不可逆转的（如终生的）损害的风险时负责的代议制下政府通常谨慎行事“，但并非赞成欧盟关于风险防范原则的主张。
