当然，SPS协定并未解决所有的法律问题。就已有SPS争端而言，焦点问题是科学依与风险评估的问题。首先，除了上述基本原则外，SPS协定有一项核心条款（关于临时措施的第5.7条）规定：“在有关科学依据不充分的情况下，成员可根据现有的相关信息，包括来自有关国际组织以及其它成员实施的卫生与动植物检疫措施的信息，临时采取某种SPS措施。”这种“防范于未然”的做法无疑涉及到有争议的 “风险预防原则”。
当就某一成员是否符合SPS协定的特定问题产生争端时，问题将首先提交由通才而非科技专才构成的WTO专家组，专家组负责做出“客观的事实评估”，包括科学或技术性质的事实。通常，专家组会委任独立的专家提供相关科学事项的建议。专家组虽无义务遵循他们的建议，但实际上在决定争端中的科学问题时倾向于坚持咨询专家的意见。[9]上诉机构通常也不会干涉专家组的事实评估。专家组在审查风险评估是否“根据可能适用的SPS措施”评价了引入某一特定病虫害的“可能性”（likehood），或者对卫生的负面影响的“潜能”。只要成员提出的材料构成一种符合SPS目标的“风险评估”，专家组将继续评估该成员的SPS措施是否“基于”该风险评估。[10]
对第5.1条中“基于”（based on）作何解释？也即，“基于”风险评估究竟是程序性要求还是实质性要求？这涉及到对科学及其在决定风险重要性的关联的解释，存在一个在法律与科学之间寻求平衡点的复杂问题。因为，如果只是程序性要求，则可能使规制者们彻底无视风险评估的科学调查结果，反而确立应对政治和社会压力的措施。在专家组看来，“依据”即是风险评估中达成的科学结论与卫生措施中暗含的科学结论是否相符。专家组在牛肉激素案中将第5.1条中的“基于”解释为给成员风险评估同时施加了实体与程序义务。上诉机构驳斥了专家组的“程序要求”，因为缺乏SPS协定文件根据；而且，对每一项SPS措施的预先的风险评估要求给许多国家带来了巨大的程序负担，尤其是发展中国家。在上诉机构看来，在评估SPS规制措施是否“基于”风险评估上，风险评估的科学结论与那些潜存于这些措施中的科学原理之间的关系，只是一个相关的因素，但不能被赋予“排除其他一切”的关系。因此，采取SPS措施不需事先实施了自身的风险评估，而可依靠另一成员或国际组织实施的风险评估。然而，上诉机构认为，它们仍必须能够表明在这些措施与风险评估之间存在一种合理或客观的联系。在四项SPS争端的裁决中，上诉机构都指出，风险评估必须“充分授权”，“充分支持”，“适当授权”，“适当支持”或“合理支持”适用SPS措施，在风险与规制措施之间须存在“客观联系”或“合理联系”。因此，上诉机构将“基于”解读为一种“实质性规定”，但未明确这种“依据”如何运行。例如，在“激素牛肉案”中，上诉机构指出：风险评估的一致结论并不一定得与暗含于SPS措施中的科学结论相符；第5.1条并不要求风险评估须必定只体现相关科学界绝大多数的观点；在绝大多数情况下，政府倾向于将其立法行政措施建立在“主流”科学观点上，但在特定情况下可依据来自有资格且受尊重的渠道的不同科学观点。
上诉机构还曾指出，协定第5.1条所指的风险评估必须包括三个方面：（1）应当指明成员旨在防止进入其境内的疾病种类及其社会和经济影响；（2）评估该种疾病进入成员境内的可能性；（3）评估在采取卫生措施后这一疾病进入的可能性。但是，SPS协定是否要求WTO专家组进行成本效益分析？通常，只要一成员的卫生措施依据一种充分的风险评估，该措施的成本超出了效益的事实并不构成违反协定。但第5条的其它款项规定，各成员在风险评估与采取卫生措施时，“应考虑下列有关经济因素”：由于病虫害输入、寄居或传播造成的产销损失的潜在损害；在进口成员领土内控制或根除病虫害的费用；以及采用替代方法控制风险的相对成本效益；“考虑到技术和经济可行性”。在激素牛肉案中，上诉机构指出，促进国际贸易与保护人类健康“有时候是相互竞争的”利益。可见，WTO决策者倾向于通常成本-收益分析来小心翼翼地权衡这些相互竞争的利益。总体来说，WTO对成员卫生与风险规制的审查是比较严格的：风险评估须以“可确定的风险”为基础来进行，意味着在采取预防风险的临时措施时，必须表明有关特定产品的特定接触与发病率和死亡率之间的因果联系与证据。上诉机构指出：“如果可得到的科学证据的实质在量与质上并不构成SPS协定第5.1条与附件A所要求的充分科学评估，则‘相关科学证据’在第5.7条意义上将是‘不充分的’”；“相关科学证据不充分的情况”，而非“科学不确定性”。这两个概念不可相互交换。所以，尽管上诉机构显然设法为风险评估中的非科学因素创造空间，并试图维持WTO成员根据其自主界定的“适当保护水平”确立SPS措施的权利，但是，WTO在审查各成员措施合法性时将科学置于特权地位。
