一方面，对于违法事实显著轻微和涉嫌犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的不捕案件，实践中侦查机关不是作撤案处理，而在相当程度上存在对犯罪嫌疑人变更为取保候审的作法。由于刑事诉讼法只规定了公安机关释放被逮捕的人和变更逮捕措施，应当通知原批准逮捕的检察院，但对不捕的犯罪嫌疑人变更强制措施，是否应当通知检察机关并未明确规定，容易形成监督的盲区。对此，检察机关应依法履行法律监督职责，要求侦查机关对不捕案件的犯罪嫌疑人变更强制措施的，应将有关情况及时通知检察机关，不但应根据侦查机关的执行回执来监督其是否释放了被拘留的犯罪嫌疑人，还应对监督公安机关变更为取保候审等强制措施的正确性跟踪监督并予以纠正。
另一方面，对于证据存疑不捕的案件，对犯罪嫌疑人变更强制措施后，侦查机关经补充侦查仍无法收集到新证据的案件，从保障人权和尊重刑事诉讼规律的角度出发，检察机关应当监督侦查机关及时撤销案件，终止诉讼，防止出现侦查机关查不清又不撤案的局面，维护刑事诉讼的严肃性和规范性。对此，可借鉴《人民检察院刑事诉讼规则》第242条对职务犯罪侦查部门的规定，对此类案件予以明确：“侦查机关立案侦查的案件，除法律另有规定的，对犯罪嫌疑人没有采取强制措施的，应当在立案2年内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或撤销案件的意见。对犯罪嫌疑人采取强制措施的，应当在解除或撤销强制措施后1年内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或撤销案件的意见。撤销案件后，发现新的重要事实和证据，确有必要追究刑事责任的，可以重新立案。”我们认为，对存疑不捕案件后强制措施的适用，也应予以明确规定：对犯罪嫌疑人因事实不清、证据不足不予批准逮捕的，应当在解除或撤销强制措施后1年内予以撤案或提出移送审查不起诉的意见。撤销案件后，发现新的重要事实和证据，确有必要追究刑事责任的，可以重新立案。
在现有法律框架内，对内完善内部衔接，对外坚持对侦查机关的监督、制约与配合，是积极改进对不捕案件的跟踪监督工作的基本途径。而通过提高监督质量和监督实效，侦查监督部门也必将以强化侦查监督的实际工作，取得维护公平正义的实际成效。
