陈水扁首次被羁押为重罪羁押，即“所犯为死刑、无期徒刑或最轻本刑为五年以上有期徒刑之罪者”；后在周占春法官审理中羁押解除，其裁定书认为一方面检方证据不足．另一方面陈水扁没有逃亡的可能性，并且认为以限制住居、限制出境、限制出海及要求被告于审判中应按期到庭等措施足以担保本案的后续审理；遭特侦组抗告后案件移至蔡守训法官再次被羁押，其理由是认为陈水扁有逃亡和串供、毁灭证据的可能。之后陈水扁被多次延押，第一次延押，法庭认为陈水扁逃亡的可能并未消除并且所犯涉及重罪；第二次延押与第一次延押理由相同且法庭认为没有其他措施可以替代羁押；第三次延押法庭认为如果释放陈水扁，则其有支配涉案部分财产的可能，仍有逃亡的嫌疑；第四次是二审判决后，法庭认为陈水扁仍有“逃亡之虞”。在上述数次涉及是否羁押陈水扁的理由中，台湾地区现行“刑事诉讼法”的三个羁押要件均有涉及。
（一）对于“逃亡”要件
如若犯罪嫌疑人确实逃至境外或串供、毁灭证据等情形出现，则很大程度上会影响诉讼的顺利进行，这是必然的结果。但是，逃亡或者串供等影响证据收集的情形是否出现应有客观的判断依据，有学者指出可主要参照的因素包括[3]：(1)被告所面临追诉的可能刑度（包含缓刑被撤销所增加的可能刑度）；（2）被告的个人特征：例如是否有前科、迄今对于侦查行为的配合度、人格的不稳定性、外语程度等；(3）被告的社会条件：例如家庭状况、是否已有子女、有无固定工作、是否有固定居所、居所是否为自有住宅、国际交往等；(4）经济状况（被告的经济状况是否足以支撑其逃亡所需之花费）。另外，还应考虑犯罪嫌疑人与其他案犯及案件中的证据接触的可能性。陈水扁的数次延押理由中，合议庭对陈水扁是否有逃亡之虞做了详尽的分析。以第三次延押来看，合议庭详尽分析了扁家在瑞士的财产，认为该财产数额与本案可能认定的财产数额可能存在差额，而该差额确定后却未必能从瑞士汇回台湾，这样同案被告陈致中、黄睿靓仍有可能支配这些财产。陈水扁作为同案被告陈致中的生父、同案被告吴淑珍的配偶，在海外资产没有汇回台湾并被“最高法院检察署”依法扣押前，陈致中、黄睿靓、吴淑珍都可能支配到这些财产，使陈水扁也具有支配这些财产的可能性，仍然可能利用这些财产逃亡。因此，合议庭没有准许被告停止羁押的声请。可见，合议庭充分考虑了作为被告的陈水扁的社会条件和经济状况。在这一点上，台湾地区“刑事诉讼法”并不要求完全确信被告的逃亡，只需自由心证相信被告有逃亡的高度可能性即可。
（二）对于“证据保全”要件
“证据保全”要件是指“刑事诉讼法”规定的羁押要件的第二种情况：“有事实足认为有湮灭、伪造、变造证据或勾串共犯或证人之虞者”。这一要件同样要求法官应有客观的判断依据，法官也应在内心相信被告有湮灭、伪造、变造证据或勾串共犯或证人的高度可能性。在台湾地区，有几种情况是不能成为此种要件下采取羁押措施的理由的：一是在犯罪嫌疑人享有沉默权的状况下，不能以被告保持沉默不配合侦查讯问而以该要件理由对犯罪嫌疑人进行羁押；二是在检察官已经掌握犯罪事实的情况下，不能以串供为理由对犯罪嫌疑人羁押，因为此时检察官即已掌握犯罪事实则被告不可能串供；三是在全面可信的自白前提下，不应以该要件理由对犯罪嫌疑人继续进行羁押。[4]对于有共犯未到案的情况下是否可以以“有事实足认为有湮灭、伪造、变造证据或勾串共犯或证人之虞者”为理由对犯罪嫌疑人进行羁押，台湾地区司法实务界有这样的做法，但是，有共犯未到案仅仅只能说明存在串供等的可能性，能不能从事实上使法官在内心相信有串供的高度可能，恐怕条件尚不充分。因此，这也是台湾地区司法实务上被许多学者批评的地方。
