二、DNA证据在刑事诉讼程序中的运用
（一）DNA证据的局限性
DNA证据在刑事案件的侦查中发挥着举足轻重的作用，根据DNA的检测结果，除了确定犯罪嫌疑人以外，还可以为被错误怀疑的无辜者提供证明其清白的机会。由于其分析和鉴别依赖尖端的仪器，从事这一工作的人员必须具备相关的专门知识，同时还应采取合法的程序进行提取和检测。司法实践中，因提取程序存在问题而导致DNA检测结果不具有可采性或证明力大为减弱的情形时有发生。
DNA检测主要依靠科学技术，但从检材的收集到最后对图谱的解读，整个过程不可避免地带有实验者的主观因素，而且对DNA检测的技术性和规范性的要求都非常高。如果检测的实验室不具备这样的条件，或者检测人员不严格遵守操作程序，其误差就难以避免。由于人们对DNA证据信任有加，将DNA证据称为新一代证据之王，案件中一旦出现DNA证据，无论是陪审员还是法官都偏向于接受这样的证据而认为被告人有罪。因人们对DNA证据的迷信最后导致被告人被错判的案件也时有发生。
（二）DNA证据中人为的错误
由于DNA检测是一个非常复杂的过程，它不但需要精通的专业知识，也需要投入大量的时间和金钱。在DNA检测早期，出现了一些人为的错误，如因实验室的错误最终导致检测结果不准确的事例并不少见。随着科学技术的发展，类似错误已基本上可以避免，但在应用过程中，人为错误潜在的危险性仍不时地提醒人们：DNA证据并不是永远都是准确无误的。迄今为止，已有不少判例表明不适当的实验过程会不必要地导致实验结果在科学家之间引起严重的分歧。
但是，DNA证据还是非同寻常的，尤其是对刑事侦查和诉讼过程的贡献，具有其他证据无可比拟的优势。事实上，其潜在的人为错误率也是相当低的，而且只要严格按照实验标准来检测，就可以完全得以避免。但在司法实践中，人为错误还是时不时地会发生，尤其是在确定亲子关系方面。
（三）DNA样本污染问题
样本的污染源是非常复杂的，这将导致可检测的样本资料范围大受限制。更为重要的是，从法庭的观点来看，确保样本不被污染是现场调查人员和实验人员的职责。除了污染问题外，对DNA匹配结果在统计学上的解释也是该证据的一大难题，这也是一个颇具争议的问题，目前这一领域已被法庭统计学家和人口遗传学家们所垄断。
