诉讼费用显然不属于“具体应用法律、法令的问题”的范围，其本身并不存在人民法院审判时如何适用的问题，而应属于诉讼制度的范畴，应当由全国人大常委会作进一步的补充规定。因此，无论是由最高人民法院还是由国务院来制定诉讼费用交纳办法，其主体资格都应受到质疑。（3）从《诉讼费用交纳办法》规定的内容来看，它不仅规范当事人与人民法院之间有关诉讼费用的收缴关系，而且还规定了大量的诉讼权利保护、权利行使事项，直接规范当事人之间的诉讼费用负担关系，而这些关系由国务院通过行政法规来加以调整和规范显然也严重违背了《立法法》。
（二）《诉讼费用交纳办法》的具体规定欠缺合理性
1.《诉讼费用交纳办法》的部分条文之间存在自相矛盾的现象。例如，《诉讼费用交纳办法》第8条规定，驳回上诉的案件无需交纳案件受理费；而第15条规定，当事人申请撤诉的，减半交纳案件受理费。如果当事人在上诉过程中有撤诉的意愿，人民法院也没有运用司法资源对上诉案件进行审理，但结论是驳回上诉，那么根据《诉讼费用交纳办法》第8条的规定就无须交纳案件受理费，因此，这两条规定之间存在矛盾。此外，这样的规定似乎还有变相鼓励当事人不撤诉的嫌疑，因为撤诉要收费，而驳回上诉的案件却无需交纳案件受理费，其结果很可能是当事人即使是硬撑着也要把官司打完。这样的规定显然很不合理。
同理，裁定驳回起诉的案件不收取案件诉讼费，而调解和撤诉案件减半交纳案件诉讼费，这也可能导致一些不符合起诉条件的案件当事人宁愿被人民法院驳回起诉也不愿意撤诉或接受诉讼调解。
2.人民法院对于有最低和最高收费范围限制的案件存在诉讼费用定额难的问题。《诉讼费用交纳办法》第15条规定，离婚案件每件交纳50-300元；侵害姓名权、名称权、肖像权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件交纳100-500元；知识产权案件，没有争议金额或者价额的每件交纳500-1000元；当事人提出案件管辖权异议，异议不成立的，每件交纳50-100元。对于相同的案件，由于各地人民法院收取的诉讼费用不一，因此，当事人很可能会质疑人民法院收费的公平性。
3.《诉讼费用交纳办法》第12条的规定难于实施且容易造成混乱。《诉讼费用交纳办法》第12条规定：“诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张，谁负担原则，决定由当事人直接支付给有关机构或单位，人民法院不得代付。”应该说，这一规定的出发点是好的。因为由当事人直接与中介机构发生财务关系，将这部分案件受理费以外的费用与案件受理费划清界限，利于消除当事人和社会对人民法院产生乱收费和诉讼费额巨大的误解。但是，这一规定在司法实践中由于没有相应的配套机制，因而可操作性极差。是当事人拿回收据后，人民法院再去委托？还是人民法院委托后，当事人再去交钱？一般而言，上述机构都是与人民法院形成委托关系。如果形成实质上的当事人与机构之间的委托关系，那么在收谁的钱就为谁负责的情况下，这样的委托就很成问题了。对方当事人一旦提出异议，人民法院需要重新委托评估，而这又会大大增加当事人的负担且延长了诉讼时间。此外，这部分案件受理费以外的费用是否也应该由败诉的当事人负担，《诉讼费用交纳办法》并没有作出明确的规定，因此，只能理解为根据“谁主张，谁负担”原则来决定，与诉讼的胜败无关。但是，《诉讼费用交纳办法》第29条关于“诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外”的规定中使用的措辞却又是诉讼费，而不是受理费。诉讼费是否包含在《诉讼费用交纳办法》第12条规定的费用，仍然存在疑问。
