又譬如，有学者指出，在开发区尚不是一级行政区划的情况下，设立开发区法院的做法是与行政区划和人民代表大会制度的政权体制背道而驰的，“最高人民法院批复南通市经济技术开发区设立法院，是严重的违宪违法行为，人民法院自身搞改革是对宪法和法律权威的挑战和破坏。”[21]
正是由于“整个司法改革进程缺乏统一的规划与布局，在改革方案的出台以及改革走向的宏观把握上明显存在着理性不足的弱点，从而造成了司法改革进程中诸多悖论的频繁出现，在具体的改革行为与宏观的改革话语之间产生了一种内在的紧张关系，进而动摇到司法改革本身的合法性基础。”[22]当然，这一问题很快被中央政治决策者所认识，所以，在司法改革的第三个阶段，司法改革已不仅仅局限于司法机关内部的变革，也不再允许不同司法机关之间不加协调、各自为政的局面继续存在，而是将司法改革纳入整个政治体制改革的大格局之中，使全国司法体制改革工作得以有序化推进。
（二）司法解释权
根据《中华人民共和国人民法院组织法》第33条之规定，“最高人民法院对于在审判过程中如何具体应用法律、法令的问题，进行解释”；在实践中，最高人民检察院对检察过程中的法律应用问题也享有解释权。最高人民法院和最高人民检察院所拥有的这种对相关法律、法令的解释权，被称作司法解释权。所以，有学者干脆直接将“司法解释”概念界定为“国家最高审判机关和最高检察机关就个案审判和检察过程中应用法律问题所作的具有法律效力的说明。”[23][24]
一般而言，有关司法解释的问题之所以出现，是因为随着现代社会的发展，政治、经济、社会关系日益复杂而且变化迅速，再缜密的立法也不可能包容大量新出现的司法问题；制定法存在的不足、疏漏甚至空白，需要司法机关在司法实践中给予说明、补充和完善。不可否认的是，当代中国的司法解释工作对法治的发展、社会文明的进步以及改革开放和经济建设成就的取得，都起到了积极的促进作用，但司法解释工作也存在诸多问题。一方面，司法解释的主体多元有时导致不同机关针对同一问题做出截然不同的解释，从而导致人们在具体应用法律的过程中无所适从；另一方面，大量的司法解释应用在具体司法过程中，实际上使得司法解释在某种程度上具有了立法权的职能，而不是原来的说明、补充和完善，这种“越俎代庖”已经侵犯到了人大的立法权。
譬如，2003年1月23日，最高人民法院发布了2003年1月8日最高人民法院审判委员会第1262次会议通过的题名为《关于行为人不明知是不满十四周岁的幼女，双方自愿发生性关系是否构成强奸罪问题的批复》，其中规定“行为人明知是不满十四周岁的幼女而与其发生性关系，不论幼女是否自愿，均应依照刑法第二百三十六条第二款的规定，以强奸罪定罪处罚；行为人确实不知对方是不满十四周岁的幼女，双方自愿发生性关系，未造成严重后果，情节显著轻微的，不认为是犯罪。”该司法解释一出台立即引起社会上的强烈反响，刑法学界认为该解释符合罪刑法定等基本刑法原则，因而是一种进步，可也有学者认为该解释实际上已经违背了该条款的立法原义，把刑法规定的严格责任解释为过错责任。[25]由于各种意见争执不下，最高人民法院最后取消了这一解释。
