1997年10月召开的中共十五大，正式提出了依法治国、建设社会主义法治国家的历史使命，并强调推进司法改革，以从制度上保障司法机关依法独立行使审判权和检察权，“司法改革”从此被正式纳入国家政治话语系统之中。以此为据，1999年10月，最高人民法院颁布了《人民法院五年改革纲要》，标志着当代中国的法院改革进入了第二个阶段，法院改革从其内部得以全方位展开。改革纲要第一次系统地阐述了法院改革的目标与原则，提出了三十九项具体的改革任务，涉及审判方式改革、审判组织改革、法院内设机构改革、法院人事管理制度改革、法院办公现代化建设、审判监督和社会监督机制、法院深层次改革之探索等七大领域，这无疑是指导法院改革的重要文献。[18]它表明司法改革由原来的关注审判方式等技术层面的变革，向涉及司法机关自身的机构、组织、管理制度等体制层面的变革方向发展。
2002年11月召开的中共十六大，从政治文明建设的高度更为全面地阐述了“推进司法体制改革的历史性任务”。这在一定程度上表明政治决策层试图在国家层面上强化司法改革的合理性，并主导司法改革的进程。这意味着当代中国司法改革步入了第三个阶段。十六大报告在谈到政治建设和政治体制改革时，把加强对权力的制约和监督专门作为一个问题加以强调，指出要建立“结构合理、配置科学、科学严密、制约有效的权力运行机制，从决策和执行等环节加强对权力的监督，保证把人民赋予的权力真正用来为人民谋利益”；同时，特别强调要加强对司法工作的监督，惩治司法领域中的腐败，以建设一支政治坚定、业务精通、作风优良、执法公正的司法队伍。很明显，司法改革已经不再仅仅被视为司法体制内的一种技术变革，而是从政治改革的高度来加以审视。2003年5月，中共中央成立以时任中央政法委书记的罗干为组长的中央司法体制改革领导小组，以指导全国司法体制改革工作的有序开展。
当代中国司法改革进程的三个阶段，表明司法改革与政治改革是息息相关的，要真正理解司法改革就必须结合当代中国特定的政治权力格局。应该说，政治改革必定涉及司法机关；政治改革的力度有多大，司法机制和相关原则的调整力度就有多大。司法改革虽然以司法机关为主体，但离不开中国共产党的领导，司法改革要真正得以深入，就必须坚持中国共产党的领导，必须将自身纳入到整个社会政治变革的格局之中。
（一）司法改革的“合法性危机”
司法独立是当前我国法学界的一大热门话题，实务部门尤其是法院系统也对此投入了高度热情，并出台了一系列改革措施。仅以2002年为例，一年间全国各级司法机关出台的司法改革措施便达100项之多，有学者形象地指出，“进入21世纪以来，我国的司法改革更呈现出一片百家争鸣的热闹场面，各地检、法机关纷纷出台一系列改革举措，一夜之间，一些原本只存在于学者笔端的新名词，如零口供制度、先例判决制度、辩诉交易制度、暂缓起诉制度等等，都先后在中国广袤的土地上破土萌芽。”[19]但在一定意义上，无论是理论探讨还是实务操作，都缺乏明确的法律依据，也与当代中国特定的政治语境不协调。不少学者认为这些举措属于司法造法，存在越位之嫌，或者违背了宪法的基本原则，甚至认为目前我国的司法改革正面临着一场严重的“合法化危机”。[20]
譬如，2000年8月，辽宁省抚顺市顺城区人民检察院出台了《主诉检察官办案零口供规则》，其中第5条第3款规定：“讯问犯罪嫌疑人应允许其作无罪、罪轻的辩护，允许其保持沉默。”顺城区人民检察院认为，在这一规则之下，犯罪嫌疑人的有罪供述一开始即被视为不存在，即等同于零，因此，称其为“零口供规则”。从实践效果来看，零口供规则的确立或许真的有利于遏制中国司法实践中以公开或隐蔽形式较为普遍地存在的刑讯逼供现象。但是，从零口供规则的内容来分析，人们却有充分的理由质疑其合法性。因为，我国刑事诉讼法专门规定了证据的7种法定形式，其中，犯罪嫌疑人的供述或辩解被确认为一项合法的证据形式。对此，作为司法机关的检察院无权以本部门的内部性规定形式来加以规避。检察机关实际上是在违法司法，因为检察机关的这一纸规定实际上等于宣告刑事诉讼法关于口供的规定失效。
