1．并购程序及支付方式上的障碍
我国2005年《证券法》及随后修订的《上市公司收购管理办法》均规定收购者可以收购目标公司的全部股份（以下简称全面收购）及可以用证券方式支付收购的对价。但是，在我国现有的立法规定下，适用股份交换制度在并购程序及并购支付方式方面仍然存在以下问题：第一，收购者只能向目标公司的股东发出全面收购的要约，而不得仅通过收购者与目标公司以股东会决议的方式决定公司的并购。但股份交换制度的便捷、高效则恰恰是拟控股公司与目标公司经由各自的股东会通过并购决议，即可完成并购，从而绕过目标公司股东是否愿意交换其手中股份的障碍。这种障碍实为效率理念与公平理念相冲突的具体反映。第二，《上市公司收购管理办法》第27条规定：“收购人为终止上市公司的上市地位而发出全面要约的，或者向中国证监会提出申请但未取得豁免而发出全面要约的，应当以现金支付收购价款；以依法可以转让的证券（以下简称证券）支付收购价款的，应当同时提供现金方式供被收购公司股东选择。”也即，尽管现行法律允许以证券方式支付收购的对价，但若为全面收购，则必须以现金方式支付或者至少提供现金方式支付对价，以供目标公司股东选择。其实，这一立法规定给收购者进行全面收购带来了更大的资金上的困难和压力，从而可能使收购者因为资金上的不足导致收购的延长或放弃。这不仅与当今风起云涌的跨国收购浪潮不相适应，也使股份交换这种完全是以股份交换为对价而不支付现金的并购方式的适用存在难以逾越的障碍。第三，按照我国现有立法规定，无论是原通过证券交易所认购股份达到30％或是通过协议方式收购一个上市公司的股份超过30％的，当收购者继续增持股份时，均须改以要约方式进行收购，向目标公司的股东发出收购的要约。而要想达到对目标公司的完全控股、进行全面收购时，则仍必须遵守《上市公司收购管理办法》第27条之规定，这就会遭遇同样的问题。
2．股东诉权行使方面的障碍
我国现行《公司法》赋予了股东直接诉权和派生诉权，扩大了股东维护自己及公司合法利益的诉讼权利。但是该诉讼权利的行使的前提条件是提起诉讼的股东必须具备股东的资格并满足持股时间和比例的要求，否则将无法行使该诉权。具体到股份转换中，当适格的目标公司股东在提起派生诉讼过程中，由于股份交换这一组织法上的行为致使该原告股东转变为母公司的股东，从而丧失了作为目标公司股东的身份，该股东还能否继续代该公司进行诉讼则不得而知。若无立法上的改进，在我国现有立法框架下，因股份交换而丧失目标公司股东资格时，股东即使出于维护公司的利益欲行使股东派生诉权，也因诉讼资格的问题而只能作罢。这就使得股东权利和公司权益的维护出于尴尬的境地而无维权的空间。
事实上，西方国家也遭遇过同样的困扰。为解决该问题，日本在其2005年制定公司法中对此进行了明确规定。根据《日本公司法》第851条第1款第1项规定，已提起代表诉讼的股东或者作为共同诉讼人参加代表诉讼的股东，如果在诉讼过程中由于股份交换或股份转移，取得了其起诉时持有股份的公司（即目标公司）的母公司之股份，而不再是其起诉时持有股份的公司的股东，其仍然可以继续进行诉讼。美国解决这一问题的办法主要是判例法中的双重股东派生诉讼制度（Double Derivative Suit）。所谓双重股东派生诉讼，是指母公司股东为追究子公司董事等人的责任而提起的派生诉讼。现在美国不论是联邦法院的判例还是州法院的判例，几乎都承认母公司股东有这样的诉权。[20]这些有效的制度，对于构建我国股份交换法律制度将提供可资借鉴的有效路径。
