在集成电路增值税案中，美国就主张中国对国内集成电路生产企业的增值税退税措施是产业专向性补贴，而这样的措施对美国的集成电路产业造成了不利影响。在具体诉请上，还援引第6条规定，认为退税措施构成了对其利益的“严重侵害”。因为按照第6条第1款的规定，如果存在下列情况，则视为构成对另一成员利益的严重侵害：（1）对一产品从价补贴的总额超过5％。（2）用以弥补一产业承受的经营亏损的补贴。
三、中国增值税退税措施存在的问题及其完善
作为一种贸易救济手段，与反倾销、保障措施这些着重维护本国国内市场的消极方法不同，补贴关注的是他国政府为促进经济发展而做出的积极行为对于本国经济的不利影响，而且这种不利影响既有对国内市场的，也有对国际市场的，因而更具有根本性。例如，在集成电路增值税案中，美国诉请的矛头就直指中国国内市场，反的是补贴带来的国内企业的优势地位。正如对两起被诉案的分析所揭示的，中国的增值税措施存在和WTO的反补贴规则不符之处，需要进一步完善。
（一）中国增值税退税措施存在的问题
首先，国内一些增值税退税措施违反SCM协定。前述两起被诉案件涉及的主要就是增值税退税措施，主要的问题还在于，有些措施以进口替代为目的和条件，有些专向性补贴虽然不是禁止性补贴，但由于补贴的力度较大，达到严重侵害的推定标准，又可能构成可诉补贴。
其次，我国的增值税出口退税措施可能构成禁止性补贴。在已有的WTO中国被诉案件中因增值税尚未涉及。增值税出口退税本身是符合SCM协定规定的，[18]因其符合国民待遇和避免重复征税原则，也为WTO成员方普遍采用。[19]但是，需要注意的是，增值税出口退税措施豁免的前提是退税额不超过实际征收的增值税额。SCM协定附件1“出口补贴例示清单”列举了12项禁止性补贴，其中（g）项和（h）项就是关于增值税出口退税的，分别明确了对出口产品和用于生产出口产品的货物或服务的增值税的减免，如果超过对用于国内消费的同类产品所征收的增值税额，就构成禁止性补贴。我国现行的增值税出口退税措施，出口退税率总体上是低于法定征收税率的，不构成授予利益，也就不构成补贴。但是，中国的出口退税额计算是用出口额乘以退税率，这种方法将出口价中所包含的进货价以外的费用和利润也作为退税基础，而这些部分是没有缴纳增值税的。加之中国的增值税出口退税区分不同的企业形式来计算退税额，增值税链条被人为地割裂，客观上也给退税管理带来更大的难度。而部门规章、地方性法规、地方政府规章等规范性文件中经常包含对某一类产品临时或长期的增值税减免政策，但在退税中却按名义税额进行计算。种种因素综合起来，就容易导致最终增值税的实际出口退税额高于实缴税额，进而构成SCM协定项下的禁止性补贴。
