国有资本经营预算的编制流程为：第一，由国有资产经营机构负责编制本经营机构的国有资本经营预算；第二，国资委根据国有资产经营机构上报的预算收支加以汇总、审核；第三，国资委根据国有经济布局和产业结构战略性调整的要求，对国有资产运营进行整体规划，合理安排收支，编制国有资本经营预算。在此过程中，与财政部门及其他相关部门进行沟通协调、达成一致，形成国有资本经营预算正式草案。
2．关于预算的批准。为了维护国家预算体系的统一性和完整性，国有资本经营预算是国家复式预算的重要组成部分。国资委会同财政部门编制的国有资本经营预算，由财政部门连同公共预算汇编成政府总预算，向人民代表大会报告。根据我国现行的财政和国有资产管理体制，中央层次的国有资本经营预算，由国家财政部将之与国家公共预算统一汇总后报全国人大批准；省级、市（地）级人民政府的国有资本经营预算，由各地财政厅、局连同公共预算汇编成各地方人民政府预算，呈报各级人民代表大会批准执行。[16]国有资本经营预算一经人大审议通过，就形成年度预算，具有法律效力。
3．关于预算的执行与监督。经人大批准的国有资本经营预算，是国资委和国有资产经营机构组织预算年度内各项相关活动的基本依据。国资委和国有资产经营机构作为预算的执行主体，必须严格执行国有资本经营预算，组织预算收入的收缴和支出的管理，完成预算目标。在执行过程中，任何部门和单位都不得随意突破预算的收支规模，必须严格按照人大批准的预算执行。如确需对预算进行变更，也必须依照法定程序，向人大呈报预算调整方案，经人大审核通过后方可对预算进行调整。不执行预算或未经人大授权擅自调整预算均属违法。
对预算执行的监督可以分为以下情况：一是各级人大对国有资本经营预算执行情况的监督，这是人大凭借其监督权对国资委进行的监督；二是各级国资委对国有资本经营预算执行情况的监督，即国资委对国有资产经营机构的执行预算情况进行监督。此外，财政部门也可以依法对国有资本经营预算执行情况进行相应的监督。
4．关于决算审计。预算年度结束之后，各国有资产经营机构就预算执行情况及结果编制决算，上报国资委，国资委汇总审核之后，交由财政部门汇入同级政府决算，报同级人大批准。人大可组织力量对国有资本经营决算进行审计，或者由国家审计机关进行审计，将审计结果向人大汇报。
国有资本经营预算事关国有资产管理部门、财政部门以及国有资产经营机构之间、中央与地方之间的利益关系调整，只有依法明确各相关主体的职责、权限、利益，有机平衡协调多方利益关系，才可能使国有资本经营预算工作在法治轨道上规范发展。为此，需要修改《预算法》，尽快出台《国有资产法》，明确国有资本经营预算的编制主体、内容和运行机制等，强化国有资本经营预算的权威性，为国有资本经营预算工作的开展提供法律基础。
