（2）第15c条的规定对在医药领域所享有的专利权构成歧视，与TRIPS协议第27条第1款相冲突：“对一切技术领域中的任何发明……其获得专利及享有专利权，不得因发明地点不同、技术领域不同及产品这系进口或系本地制造之不同而给予歧视”。
（3）允许平行进口违反了TRIPS第28条规定的专利权人所享有的进口权。该案发生之时正值南非国内公共健康处于极度严重之时，在此期间有40万人因无力支付昂贵的治疗费用而死于艾滋病，这种状况应属于TRIPS协议第31条（b）款规定的“国内紧急状态”，在此种状态下南非政府采取措施维护公共健康应是合法的。南非是非洲最富裕的国家，如果南非都用不起西方的专利药品，那其他国家肯定更不敢问津。所以跨国医药公司的诉讼行为引起了国际社会的强烈抗议。迫于国际社会的抗议，美国的态度发生了转变，将南非从其特别301条款中清除，并表示撒哈拉以南非洲地区如果采用与TRIPS协议相符的措施，如强制许可或平行进口，将不再以贸易制裁相威胁，以促进艾滋病药品的获得。后来经南非法庭审查，修正案并未违反TRIPS协议。2001年4月，跨国医药公司撤回了其在南非的诉讼，并大幅度降低了这些药品在非洲的售价。[17]
2.巴西”专利当地利用“和”强制许可“引发的争端
巴西在上个世纪90年代早期也是艾滋病最严重的国家之一。面对国内严峻的公共健康危机，巴西政府采用了积极的药品专利政策：一是药品生产本地化，也称“专利当地利用”（“local working”of patents），即某一专利应当在巴西境内得到“利用”[18]，否则该专利就应当被强制许可。巴西治疗艾滋病所需的12种药品（专利权大多属于发达国家）中有10种在当时是不受专利保护的，因而巴西可以将这10种药品作为通用药品进行生产，而无需向发达国家的医药企业支付使用费。二是以强制许可作谈判砝码，对专利药品实施价格控制。这主要是TRIPS协议生效后所采取的措施。TRIPS协议生效后，对在巴西受专利保护的药品，巴西既不能生产该专利药品也不能从国外任意进口相关通用药品，政府能做的就是和专利权人（包括药品生产商）进行谈判，以强制许可要挟对方降低药品价格，否则将强制许可国内医药公司生产相关药品。通过这两项措施，自1996年以来，与艾滋病有关的疾病住院率下降了80%，死亡率下降了50%，节省医疗费用4.22亿美元。[19]
为跨国医药公司利益助威呐喊的美国认为巴西实施的药品生产本地化要求和强制许可与TRIPS协议第27条第1款的规定不符，还同时违反了第28条第1款[20]以及GATT1994第3条（非歧视原则）。因此美国在2000年5月30日启动了WTO争端解决程序，并于2001年1月8日请求建立专家组。针对美国的诉讼行为，巴西认为要求专利本地实施是一个保障条款，其适用的前提是专利权人“滥用其权利或者市场地位”，如果权利人维持药品高价或拒绝通过本地实施转让技术和专业知识就构成滥用。这符合TRIPS协议第40条第2款有关制约滥用权利的规定。最后在双方努力下，于2001年6月达成协议，同意终止争端解决程序，条件是如果巴西认为必须对美国公司所持有的专利适用其国内法的话，巴西得在颁布强制许可前先与美国政府协商。争端从此得以告一段落。[21]
