赵作海冤案正是三机关扭曲分工负责的精神，只讲合作、不讲制约的体现，特别是检察机关在已经退回补充侦查三次，坚持疑点不排除就不受理的情况下，商丘市政法委完全不顾当地公安部门在该案办理中的“夹生”问题，通过自己的一次“集体研究”案情，就定下了赵作海死缓的判决调子，此后，起诉和审判所用时间不到两个月，庭审更是只用了不到半小时，相比较于此前被羁押超过三年，效率极高。[5]合作的确能提高效率，但如果不是建立在事实正确、证据确实充分的基础上，则只会快速地增加风险，并成为官官相护的恶例。
三、强化程序意识刻不容缓
司法公正，既包括实体法，也包括程序法。鉴于实体公正的不可预见性，程序公正成为实现实体公正的最为现实的途径，因此，树立对法律的信仰，确立法律至上的理念，就必须具备程序至上的意识。然而，赵作海冤案的形成，我们恰恰看到最多的问题就是相关办案机关程序意识的淡薄。
由于我国刑事诉讼是分段结构而不是审判中心结构，侦查措施直接对犯罪嫌疑人权利形成干预，侦查的结果对案件的裁决影响也非常大，甚至有专家称我国的审判是“侦查案卷裁判主义”而非“证据裁判主义”，因此，公安机关程序意识的有无和强弱对案件的公正处理非常重要。无罪推定是刑事诉讼的基本理念，虽然我国《刑事诉讼法》并没有明确规定无罪推定，其中第162条第3项也只是针对法院的判决提出了要求，但无疑也包含了无罪推定的精神（证据不足，应当作出无罪判决），而且无罪推定原则也得到了广泛的认可，[6]由此，也要求公安机关在侦查中应通过自行收集证据而不是拷问或逼迫犯罪嫌疑人自证其罪。但在赵作海案件中，笔者看到了有罪推定的逻辑：在推定无头尸为赵振裳，而赵作海与其有仇，身体有伤，认定赵作海是犯罪人，逼供赵作海承认作案和作案工具匕首（方式包括棍棒敲打、喝药水、放鞭炮等），逼供前妻赵小齐承认编织袋，确认赵作海就是罪犯。不仅如此，赵作海从拘留到被起诉，审前羁押时间超过3年，为有罪推定的展开提供了充足的时间，赵作海前后9次的有罪供述应当都是必然的后果。即使考虑刑事诉讼法规定的所有特殊情况，也大大超过了最长审前羁押时间（不到17个月），而其中1999年12月9日检察机关最后一次退卷到2002年8、9月份政法委最终协调定案，近3年时间，公安机关竟然一直搁置案件，不做任何处理，也没有给予赵作海变更强制措施，把刑事诉讼法规定的时限视如儿戏，有罪推定的思想表露无遗：不能证明无罪，就是有罪，就应该予以关押。
