国家自然科学基金委员会是直属于国务院的事业单位，具有中国特色的社会公益类的法人社会组织，系社会公益类的事业单位。[9]从其组织性质来看，它区别于政府职能部门，不具备行政执法的权力，它的主要职责是在市场经济体制下向全社会提供公共服务。它是我国公共部门中向公民和社会提供公益化服务的主体，是国家机关的延伸和支撑。正是因为国家自然科学基金委员会具有服务性、公益性、实体性、知识密集性和公有性的特点，其才能成为信托关系中科学基金受托人。基于科学基金公益信托操作和管理上的特殊性，《条例》引入了依托人制度，较其他国家的类似制度相比，可谓创新。[10]然而，就受托人和依托人之间的关系应认定为委托代理关系，还是共同受托人关系，尚待进一步商考。
（3）受益人
如前所述，在科学基金信托中，《条例》第10条明确规定了受益人的范围，即只能在符合科学基金资助的合格人中选评。在择优录取的原则下，被选评上的人成为该科学基金的受益人。也就是说，科学基金划定的只是接受资助者的范围，并未指定特定对象，因《条例》中对受益人所作的规定，体现的是公益信托下的不特定多数。
受益人作为接受资助的科研人员，除必须符合该基金规定的条件外，还要受该规定的约束。这里的约束可理解为信托合同中受益人的义务。[11]
（4）依托人
所谓依托人，是指中华人民共和国境内的高等学校、科学研究机构和其他具有独立法人资格、开展基础研究的公益性机构，在科学基金管理机构注册并经公布注册为依托单位的机构。[12]
国家科学基金管理机构面对的是国内众多个教学科研机构，不可能也无法事必躬亲地自己处理，而依托单位因对其接受课题人员的劳动人事、科研管理上的便利条件，成了国家科学基金管理机构再委托其管理、监督具体某项科学基金使用的首选者。这样就为基金的合理使用、监管提供了有效的管理平台。这一创新之举带来的是积极的效果。
然而，在此首先有必要厘清依托单位的权利性质。根据《条例》第9条和第24条对依托单位法定职责的规定，笔者认为依托人的权利表现为限制性授权。只能在授权范围内行使职权和履行善良管理人的注意义务。信托法规定受托人应当自己亲自处理信托事务，但信托文件另有规定或者有不得已事由的，可以委托他人代为处理。信托法中虽有此规定，但是科学基金受托机构和依托人之间的关系是否完全是代理关系值得研究。换言之，在考量科学基金受托机构和依托人之间的关系时，是将其视为民法中的代理关系，还是将依托人在科学基金信托关系中视为共同受托人的关系，涉及其各自如何承担法律责任的问题，必须予以厘清。详言之，属委托代理的，信托法规定受托人依法将信托事务委托他人代为处理的，应当对他人处理信托事务的行为承担责任；属信托中的共同受托人的，则要求共同受托人共同承担责任。根据《条例》来看，在法律责任的最终承担上，基本上都是在依托人一方。如从一般民法规范上将国家科学基金管理机构与依托人之间的关系认定为委托代理关系，对设立信托的委托人来说，其最终法律责任应由科学基金受托机构承担。而现行规定的法律责任几乎都是由依托人承担的，这与民法上的委托代理的概念相悖。但是，若从信托的视角下将依托人视为共同受托人，再来解释依托人的这种法律责任就合理了。因为依照信托法的规定，共同受托人在管理信托事务过程中，应共同承担责任；有特殊约定时，从其约定。而就其特殊约定而言，可在共同受托人中根据各受托人的具体情况，在信托合同中明确约定不同的职责。这样在受托人处理信托事务过程中存在过错需要确定责任时，就可对《条例》中规定的依托人所负责任进行积极解释。
