直辖市分院的法律监督职责、功能和工作职能的性质定位，决定了检察权在其中合理配置的规律。主要表现为：（1）从检察权的具体配置内容来看，直辖市分院作为一个独立的法律监督主体，行使的是完整意义上的检察权。这一权力区别于上、下级院，对应于同级审判权；（2）从检察权的具体配置形式来看，直辖市分院的检察职权集中表现为检察环节的各种形式的诉讼权，各项检察职权之间要体现分工负责、互相配合、互相制约的关系。这一配置规律要求直辖市分院各项检察职权在运行过程中淡化行政管理色彩，强化检察官职业群体的专业化要求；（3）从检察权配置的纵向层级关系来看，直辖市分院在行使检察权的过程中，遵守上命下从的基本行权规则，要接受最高人民检察院和直辖市院的领导，同时要领导所辖基层院；（4）从权力之间的横向监督制约关系来看，由于具体检察职权在直辖市院和分院的配置不具有重合性、包容性或吸收性，因此如同直辖市院一样，分院的各项工作也应当对市人民代表大会负责，接受监督。
三、当前直辖市分院检察权配置中的矛盾
直辖市分院产生于直辖市司法权三级配置的需要，在发展上又受制于直辖市立法权和行政权两级配置的客观现实。司法权与立法权、行政权在直辖市配置层级上的不对应性，直接造成了检察权在直辖市分院配置上的诸多矛盾，并且这些矛盾随着直辖市分院的发展而日益尖锐。
首先，是直辖市分院独立行使检察权需要受到权力机关监督与实际上不能直接接受权力机关监督之间的矛盾。在我国，司法机关接受权力机关监督的最集中表现是向权力机关报告工作并接受审议和质询。根据《宪法》第133条和《人民检察院组织法》第10条规定，直辖市分院作为地方各级人民检察院中的一级，要对本级人民代表大会和本级人民代表大会常务委员会负责并报告工作。具体而言，直辖市分院应当对市人民代表大会和人民代表大会常务委员会负责并报告工作。但实际中的做法通常是直辖市分院检察长先对本院全体检察人员做工作报告，然后将该报告提交市院检察长，市院检察长代表市院及分院向本级人民代表大会及其常务委员会报告工作。这种代为报告的形式至少存在三个问题：一是权力机关不能直接听取直辖市分院的工作报告，不能全面了解检察权在这一层级的实施情况，也就不能直接行使富有针对性的监督权；二是直辖市院与分院行使着不同层级的检察权，两者之间具有司法上的相对独立性，不能相互替代，更不能舍弃其一，这决定了直辖市院在代表分院接受权力机关监督时的局限性；三是直辖市院对分院的日常管理和考核，归根到底只是检察权的内部管理和内部监督，不能直接取代检察权的外部监督制约机制。
