1.基于职务犯罪侦查权的性质，即法律监督的手段和保障。侦查本身只是一种带有强制性的调查方法，其性质取决于它所侦查的对象和要实现的目的。同理，检察机关职务犯罪侦查权也需要由行使法律监督权的不同部门行使。那么，为什么不赋予侦查监督部门职务犯罪侦查权，公诉部门只能行使职务犯罪补充侦查权呢？笔者认为，主要是由于这两个部门的主要职能不是诉讼监督，而是直接介入到刑事诉讼的某个环节，行使刑事诉讼权力。公诉部门仍基于公诉工作的需要，对职务犯罪案件具有补充侦查权，但不能直接立案侦查案件。
2.基于强化法律监督的客观需要。由于强化法律监督的需要，职务犯罪侦查权与诉讼监督权需要紧密结合，切实发挥职务犯罪侦查对诉讼监督的促进、保障作用。因此，在检察机关内部，反贪污贿赂部门、反渎职侵权部门作为职务犯罪侦查部门，当然具有职务犯罪侦查权。监所检察部门、民事行政检察部门都是诉讼监督部门，为强化诉讼监督，必须行使一定范围的职务犯罪侦查权。侦查监督部门由于行使审查逮捕权，公诉部门由于行使公诉权，因而不能直接行使职务犯罪立案侦查权。控申检察部门的权力主要是受理控告和申诉，而不是诉讼监督，因此不宜行使职务犯罪侦查权。
3.基于职务犯罪侦查工作专业化的客观需要。尽管贪污贿赂犯罪、渎职侵权犯罪在许多案件中有交叉，但毕竟这二类犯罪在涉及的领域、侵犯的客体、行为特征等方面有很多不同之处，对职务犯罪侦查的要求也有一定的区别，因此，对这二类犯罪的侦查权由不同部门行使，有利于增强侦查专业化程度，提高侦查能力和水平。同样行使侦查权的公安机关，也是将危害公共安全和社会治安的刑事犯罪与侵犯社会主义市场经济秩序的经济犯罪分别交由刑事犯罪侦查部门和经济犯罪侦查部门行使。
4.基于减少办案成本，提高办案效率的客观需要。就监所检察办案工作而言，由于实行派驻检察，对刑罚执行和监管活动情况能够做到全面、及时地了解，在摸索和掌握刑罚执行和监管活动中的职务犯罪规律和特点方面也有优势，有利于发现案件线索，找准案件切入点和突破口，提高办案效率，降低办案成本。
当然，职务犯罪侦查权分别由不同内设机构行使也具有一定的弊端，需要采取措施，尽量加以避免。主要表现为：
一是造成侦查资源的浪费、人力的不足，由三个部门或更多的部门行使职务犯罪侦查权，会加剧案多人少的矛盾。二是不利于公正执法，有的诉讼监督部门会利用侦查权达到不正当的诉讼监督目的。三是监所检察部门、民事行政检察部门的办案力量不适应行使职务犯罪侦查权的客观需要。四是与侦查一体化的要求相矛盾。因为，侦查一体化不仅需要上下级检察机关之间，也需要不同侦查部门之间实现一体化。
