（三）有关行业协会的立法严重缺失
我国非营利组织的财务状况主要是收入依赖政府财政拨款和补贴，经费支出结构不合理，财务制度不完善，没有特殊情况不作年度财务报告，或者虽然作也没有严格的外部审计。甚至发生有违非营利原则、贪污腐败的问题。我国的财政法对政府开支有明确的管理规定，税法则只管企业的财务情况，行业协会这样的非营利组织刚好落空，无法可依。
另外，我国目前的法律体系对行业协会侵犯成员利益等问题如何处置，并无规定。成员是否可以通过诉讼途径解决问题，采取民事诉讼还是行政诉讼，都是尚有争议的问题。
（四）政府对行业协会的管理比较混乱，重程序轻实质
因为立法缺位，我国目前对行业协会不是主要依靠法律规制而是行政规制。在行政管理上又存在着业务主管机关和民政部门的双重管理，两个部门的管理有时发生交叉，有时双双缺位，存在较多矛盾和漏洞。以掌握人事权为主，政府部门对行业协会的日常管理干涉较多，使行业协会往往不能独立管理和决策。
五、对如何有效发挥行业协会功能作用的建议
（一）健全行业协会立法
有关行业协会的管理显然存在法律缺位的问题，但是如何立法目前有不同的意见。有的学者认为在行政法规和宪法之间缺乏一个位居“法律”层次的立法，应合并其他组织，制定《民间组织法》。根据笔者所查资料，法国，德国，日本，韩国等有专门的《商会法》或《工商会法》，但并无专门的行业协会法。根据美国税法501c（4）条款登记的会员制组织（如协会、商会、联合会、联盟等）属非营利性法人组织，可以接受免税的捐款，不能从事分红性的营利活动，但可以从事游说活动。
笔者认为，我国目前的法律体系是以社会系统的二分法为基础的，市民社会这个中间层在立法时很少给与考虑，因此我们整个法律体系对市民社会这一中间层都应予以重新考虑。因此，对立法来说，不仅仅是要增加一部新法律，还要考虑现有法律是否要针对中间层这一主体有所调整。比如反不正当竞争法，反垄断法，税法，民法等。当然这都不是一蹴而就的，因为我国的社会只是刚刚起步向“大社会，小政府”过渡，市民社会还并不发达，很多问题还需要时间来探索。但是，行业协会迫切需要法律对其合法性的认可。笔者建议先从相关法律的局部修改来明确行业协会的地位，鼓励正面作用规制其反面作用。前提是政府撤出对行业协会的行政干预，给出起码的信任。如果政府始终对行业协会预设不信任的前提，再多立法都不能使行业协会获得应有的独立。
