（二）立案不规范。在调研中发现在国家赔偿确认案件的立案上主要存在以下问题：首先，立案机构不明确。由于最高人民法院《关于审理人民法院国家赔偿确认案件若干问题的规定（试行）》（以下简称《确认规定》）未明确规定国家赔偿确认案件由哪个部门审查立案，使各法院审查立案的机构不统一，有的法院由立案庭审查立案，有的法院由赔偿办审查立案，还有的法院是立案庭和赔偿办共同审查立案，造成各法院对该类案件的立案尺度宽严不一。其次，立案标准不统一。《确认规定》第三条只是对国家赔偿确认案件的受案范围作了原则性规定，对具体的受案范围缺乏明确规定，尤其是对不予受理的情形没有规定，对该类案件的受理标准认识不一致，造成个别法院受理了不属于国家赔偿确认审查范围的案件。如嘉峪关市法院受理的李秀萍申请确认民事判决行为违法一案、定西中院受理的王某申请确认强制拆迁行为违法一案和张掖中院受理的中国种子集团张掖分公司申请确认执行中止行为违法一案等，均不属于国家赔偿确认案件审查的范围，应当告知申请人向有关部门申请处理。第三，对申请时限的认识不一致。《确认规定》第三条第三项规定“确认申请人申请确认应当在司法行为发生或者知道、应当知道司法行为发生之日起两年内提出”，没有明确按诉讼时效还是按除斥期间处理。对两年期间的性质认识模糊，选择空间较大，对时限的把握尺度不一。立案部门亦往往受民事案件立案时无需审查时效问题的思维定式影响，立案时不审查申请确认的时限，造成不该立案的立了案。

　　（三）适用法律不准确。在案件评查中发现，国家赔偿确认案件法律的适用及法条的引用比较困难，很多不予确认违法的案件引用的是《中华人民共和国国家赔偿法》第三十一条和最高人民法院《关于审理人民法院国家赔偿确认案件若干问题的规定（试行）》的第十二条，这些条文是程序性的规定，很难反映出不予确认违法的实体内容。即使引用该司法解释第十一条，也只能反向理解，使确认违法和不予确认违法都引用同一条款，引起申请确认人和被申请确认违法机关的误解，不利于案结事了。

　　（四）听证程序不规范。目前在国家赔偿案件、国家赔偿确认案件的审理中均设立了听证程序，但法律未规定听证程序的适用标准，只是规定由审理案件法院自行决定是否听证，造成各法院在采用听证程序上标准不统一。对哪些案件需要听证，哪些案件无需听证各地做法也不一致。实践中有的法院对申请确认诉讼保全、执行行为违法，争议标的很大应当采用听证的案件，未经听证程序而直接书面审理，确认申请人认为没有一个和被确认违法机关平等对话的平台，给当事人留下“官官相护”的印象，使确认申请人对法院产生了抵触情绪和对抗心理，不利于纠纷的解决。另外，在听证程序的具体操作中，各地做法也不尽相同，有的听证程序过于简单，流于形式，未达到查清案件事实，固定证据效力，缩小各方的心理预期差距的目的；有的听证程序过于复杂，事无巨细，类似于庭审程序，甚至将已经过诉讼活动确认其效力的证据再次听证，混淆了听证程序和庭审程序。