（三）侧重于对单一类型的破坏行为的规范与治理，缺乏整体性与综合性法律保护对策
我国目前已经实施的一些与土地资源与土地环境保护相关的法律法规都明显地打上了重事后监督、轻预防，重单一性保护、缺少综合整治的烙印。如《
大气污染防治法》、《
水污染防治法》、《
固体废物污染环境防治法》等这些重要的污染防治法也应当成为我们保护农村土地生态环境的重要法律规范之一，但是，我们在这些法律规范中只能找到关于保护土壤的比较委婉的措辞，但对于真正的法律实施却没有保障或可能性不大。特别是由于大气、水、固体废物在许可范围内的排放所可能导致的土壤污染没有在其“源头”得到真正的扼制，适用于大气与水污染的“超标罚款”“排污收费”等法律制度在土壤保护中很难有效实施，因为对于土壤的污染滞后性特别明显，潜伏期也相对较长，也正是由于土壤污染的这些特征从一定程度上妨碍了对土壤的有效预防治理。
（四）对于已经被破坏的农村土地生态环境没有有效的治理与监督机制
一般只在相关的法律条文中规定造成土壤资源破坏的当事人应当承担何种责任，如我国《
矿产资源法》规定：“关闭矿山，必须提出矿山闭坑报告及有关采掘工程、不安全隐患、土地复垦利用、环境保护的资料，并按照国家规定报请审查批准。”“开采矿产资源，应当节约用地。耕地、草原、林地因采矿受到破坏的，矿山企业应当因地制宜地采取复垦利用、植树种草或者其他利用措施。”但对于没有对破坏的土地进行复垦的应当承担何种法律责任却没有规定，因此，导致一些对于土地修复和整理的法律规定在很大程度上形同虚设，没有真正发挥法律的威信，法律的实践性也没有得到应有的体现。
（五）缺乏生态保护的整体性观念
在土地生态的保护中没有将其他环境因子和资源要素如水、大气、气候、自然物种等的保护综合起来进行全面的保护。尽管我国的《
水污染防治法》、《
大气污染防治法》等法律中规定有综合治理与总量控制的制度，但并没有将可能发生的大气循环与水循环最终可能导致的土壤污染纳入法律规制的范围。因为土壤生态安全与其他生态安全以及经济安全之间都具有互动性，而且常常表现为高度的正相关性，即其它安全状态的改进将有助于土壤生态程度的提高，相反亦然。也正是各种生态因子之间的这种相互作用迫切要求我们对于各种资源的保护必须有一个整体的观念。
