（一）《
水法》中流域管理的规定存在缺欠
1．规定过于原则，实用性较差。流域管理机构的法律地位和职权范围是立法应首要解决的问题。这是因为现实中大量存在着地方政府为了促进区域经济的发展，以牺牲流域生态利益为代价，过度使用流域资源和污染流域生态环境的情况，而流域管理机构却对此束手无策。之所以如此，是因为国务院的相关规定中仅仅将流域管理机构定位为“具有行政职能的事业单位”，而《
水法》对其权力的行使也未予明确，这就导致了流域管理机构职能履行时的软弱无力。
2．立法层次不高，未能对其他法律形成统率。流域管理工作需要各个部门的积极配合，必要时甚至要不惜牺牲某一个部门的利益来保全流域的整体利益。这就要求必须将流域管理的相关内容规定于基本法当中，从而有利于全流域保护的基本精神在一般性法律中的贯彻。然而，《
水法》与《
森林法》、《
水土保持法》等法律同样都是经过全国人大常委会通过的，性质上仅为一般性法律，无法对其他部门法形成统率，因此形成了流域整体利益与环境部门利益难于协调，流域管理机构的综合决策职能难以有效发挥的局面。
3．职能设置不合理，职权分布存在缺陷。流域规划制度是保护流域利益、实施流域管理的基本制度，流域管理机构通过参与流域规划的制定来实现其全流域的综合性管理职能。这其中，一级流域的规划由于涉及到我国重大江河、湖泊的整体利益，应更为慎重和全面，因此需要流域管理机构的介入，从流域的整体利益出发来为规划的制定献计献策。然而，《
水法》中只规定了二级流域规划编制中流域管理机构的参与权，却在一级流域的规划编制中有意将流域管理机构排除在外，此种重大缺陷不能不令人感到遗憾。
（二）流域立法的完善
或许，《
水法》中存在的缺欠只能通过高层次的以和专门性的立法来弥补。
