二、流域管理体制的“大部制”改革
行政职能的统一行使有利于平衡各方利益，提高行政效率；而垂直领导的实现，则会使行政权力集中并有效地发挥作用，增强行政职能的权威性。基于此，笔者认为，我国的流域管理应借鉴“大部制”改革的思想，通过建立起一套“统一管理、垂直领导”的流域管理体制来实现各流域的综合治理，以此彻底改变流域管理职能分散、职权分割行使的现状。可以依照《
水法》中对于流域的划分标准先将我国境内的全部流域划分为三级，再以流域等级为依托进行流域管理体制的构建。
（一）设立国家流域管理委员会
在水利部之下设立国家流域管理委员会全面负责各级流域的协调和管理工作。在国家流域管理委员会之下设立一级流域管理总局、二级流域管理总局和三级流域管理总局，分别负责等级内流域之间的协调管理工作。流域管理总局的领导人员由国家流域管理委员会选派，总局对委员会负责并汇报工作，接受委员会的领导和监督。其中，设置流域管理总局的目的在于改变现有流域管理体制不顺，二、三级流域管理机构设置尚不明确的现状。但全国的流域管理工作仍应以一级流域为重点，并注重吸引社会力量共同关注流域保护，从而逐步建立起统筹兼顾、重点突出的流域管理模式。
（二）设立一级流域管理总局
设立一级流域管理总局负责一级流域的管理工作。一级流域管理总局具有综合决策职能，行使包括水利、农业、林业、交通等与流域管理相关的行政职能，并拥有流域间资源调配，流域开发、利用、保护等职权和下级流域管理机构领导人员的选派、监督权。[3]同时，在一级流域管理总局之下，参照现有的七大流域管理机构组建各流域管理局，如长江流域管理局、黄河流域管理局、淮河流域管理等。各流域管理局是一级流域管理总局的派出和执行机构，负责流域管理的日常工作，收归并统一行使原属于沿流地方政府部门行使的水利、环保、农业、林业、交通等相关流域保护职责，拥有支流管理分局的机构设置决定权及其领导人员的选派、监督权。
（三）设立二级流域管理总局
依照一级流域的管理模式进行二级流域管理体系的构建。二级流域管理由于同样涉及到省、自治区、直辖市之间的地方利益协调问题，因此不论在流域管理机构的设置上，还是在流域管理权限的划分上均可依照一级流域的管理体系进行构建，故此处不作赘述。
